Mise à jour le 03/02/2020

Les Meilleurs Logiciels de Comptabilité en 2020

Découvrez notre sélection des meilleurs logiciels de comptabilité (en ligne ou à télécharger, gratuits ou payants)

Guillaume Robez Responsable éditorial

Guillaume est le co-fondateur d'independant.io. Sa spécialité ? Décrypter les offres, lire les conditions générales et les grilles tarifaires pour vous dénicher les meilleurs produits et services.

Vous être entrepreneur et cherchez un logiciel de comptabilité adapté à votre activité ? Vous êtes perdus entre toutes les solutions du marché ?

Nous avons sélectionné pour vous les meilleurs logiciels de comptabilité, classés par catégorie, ainsi que les critères pour bien choisir son logiciel.

Notre sélection des meilleurs logiciels de comptabilité

Avant de rentrer dans le détail des logiciels de comptabilité que nous avons sélectionné, commençons par quelques précisions sur les critères qui nous ont amené à construire cette liste des logiciels de comptabilité.

Et avant toute chose, il nous paraît surtout important de préciser qu’il n’y a pas de meilleur logiciel de comptabilité pour tout le monde. Simplement le meilleur (= le plus adapté) pour votre activité.

Notre conseil Dans la mesure du possible, nous vous conseillons donc de toujours tester le logiciel de comptabilité que vous aurez choisi.

Ceci étant dit, voici les critères qui ont influencé notre choix.

Les critères de sélection

Le type de logiciel

Comme pour tous les articles que nous écrivons, nous essayons de nous mettre à votre place. Même si nous avons une forte préférence pour les logiciels de comptabilité en ligne, nous savons quand même que ce n’est pas le cas de tous les entrepreneurs, et nous faisons au mieux pour tenir compte de cela, en incluant aussi au moins un logiciel de comptabilité à télécharger. En fonction des évolutions du marché, mais aussi de nos test, cette liste est donc amener à évoluer.

Les statuts acceptés et la taille d’entreprise

Deuxième critère crucial pour notre sélection de logiciels de comptabilité, tout ce qui touche à la typologie de votre entreprise. C’est pourquoi vous trouverez ici des logiciels adaptés à la fois aux auto-entrepreneurs et aux grandes entreprises, mais aussi des logiciels de comptabilité pour les TPE, d’autres pour les PME… Il y en a pour tous les goûts. Nous avons même inclus des logiciels adaptés aux associations.

Nous le verrons plus tard, mais ce critère de choix est primordial : le statut à un impact sur la tenue de votre comptabilité (plus ou moins facile), tandis que la taille à un impact non seulement sur la tenue de votre comptabilité (plus ou moins facile aussi), mais surtout sur vos ressources dédiées à la comptabilité (expert-comptable ou non, ressources internes…)

La question du prix

Comme vous pouvez le voir, la question du prix n’est pas forcément notre critère de choix numéro 1. La raison à cela est plutôt simple, mais rappelons-la quand même.

Attention Ce n’est pas parce qu’un logiciel de comptabilité est gratuit que c’est le meilleur logiciel comptable pour vous.

Nous avons déjà eu l’occasion de revoir et tester de nombreux logiciels, dans de nombreuses catégories, et nous avons constaté que les logiciels gratuits, s’ils correspondent souvent à un besoin de faire des économies, ne sont pas forcément la meilleure solution :

  • Les logiciels de comptabilité gratuits ne sont pas forcément les solutions les plus pérennes (mises à jour, etc).
  • Un logiciel gratuit n’est pas toujours 100% gratuit (comme vous le verrez dans notre sélection des logiciels de comptabilité gratuits ci-dessous).
  • Est-ce qu’un logiciel gratuit est capable de vous accompagner dans votre croissance ?
  • Les logiciels payants sont souvent plus avancés techniquement, et font gagner davantage de temps sur votre comptabilité.

Nous vous conseillons donc toujours de réfléchir à l’équation suivante : si un logiciel de comptabilité fait gagner X heures par mois (ou par an) à mon entreprise par rapport à un outil gratuit, combien suis-je près à le payer pour que l’équation reste rentable ?

Voilà les 3 critères principaux de sélection qui correspondent à la plupart de nos lecteurs et de leurs besoins, et qui nous ont servi pour établir cette liste des logiciels de comptabilité. Il y a de nombreux autres critères de choix, que nous détaillons dans une section dédiée ci-dessous.

Passons maintenant à notre sélection 2020 des meilleurs logiciels de comptabilité, classés en 3 catégories.

Les meilleurs logiciels de comptabilité en ligne

Commençons cette sélection des logiciels de comptabilité par les outils en ligne, plus modernes et adaptés à la grande majorité de nos lecteurs qui souhaitent :

  • Gagner du temps
  • Avoir un logiciel toujours à jour
  • Collaborer avec leur expert-comptable
  • Travailler depuis n’importe

Dans ce cas, un logiciel de comptabilité en ligne est plus pertinent qu’un logiciel à télécharger.

Quickbooks : un logiciel de comptabilité adapté à toutes les tailles d’entreprise

Si vous cherchez un logiciel de comptabilité simple, en ligne, certifié loi anti-fraude et adapté à la fois aux indépendants mais aussi aux TPE-PME, alors Quickbooks est une solution adaptée à la majorité d’entre vous.

50% de réduction
  • pendant 3 mois

Bien plus qu’un simple logiciel de comptabilité, Quickbooks permet d’abord de gérer la facturation (devis, factures, suivi et relances des impayés), mais aussi de gérer les notes de frais facilement (grâce à la reconnaissance visuelle).

Les avantages de Quickbooks :

  • 100% en ligne
  • Saisie comptable très simple
  • Disponible sur application (iOS, Android)
  • Gestion base clients et fournisseurs
  • Synchronisation bancaire
  • Accès expert-comptable

Côté limites, nous relevons surtout que depuis début 2020, Quickbooks ne propose plus d’essai gratuit. Si vous désirez en savoir plus sur l’outil, n’hésitez pas à lire notre avis sur Quickbooks.

Freebe : le logiciel de comptabilité pour les freelance auto-entrepreneurs

Vous êtes auto-entrepreneur et penser pouvoir vous passer d’outil pour gérer votre comptabilité ? Testez Freebe, et changez d’avis !

Logo Freebe
20% de réduction
  • avec le code INDE20

Nous avons déjà cité Freebe parmi les meilleurs logiciels de facturation en ligne, mais ses fonctionnalités en font aussi un outil de gestion plus complet.

Les avantages de Freebe :

  • Création automatique du registre des dépenses/recettes
  • Déclaration URSSAF automatisée
  • Journal de temps par projet pour une facturation directe au client (idéal pour les freelances)
  • Synchronisation bancaire

Côté limites, nous relevons surtout que Freebe n’accepte que les auto-entrepreneurs, et qu’il est probablement plus adapté aux freelances qu’aux artisans par exemple. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Freebe.

Sage Business Cloud : un logiciel de comptabilité pour les TPE-PME

Anciennement Sage One, ce logiciel de comptabilité pour TPE et PME s’appelle désormais Sage Business Cloud Compta & Facturation.

100% en ligne, Sage Compta & Facturation est la version logiciel de comptabilité pour TPE et PME de l’éditeur Sage, spécialiste des solutions de gestion pour les entrepreneurs.

Les avantages de Sage Business Cloud :

  • 100% en ligne
  • Intégration bancaire
  • Ergonomie
  • Assez complet sur la comptabilité

Côté limites, on note surtout la partie facturation, qui nous parait un peu plus limitée que d’autres outils, surtout dans le plan Start. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Sage Business Cloud.

Assoconnect : le logiciel dédié au associations

Vous gérez une association et cherchez le bon logiciel pour remplir vos obligations comptables ? Alors jetez un oeil à AssoConnect, la solution de comptabilité dédiée aux associations.

assoconnect logo
Essai Gratuit
  • Dédié aux associations

AssoConnect intègre de nombreuses fonctionnalités comptables, mais est aussi un outil de gestion complet. Nous l’avons d’ailleurs déjà cité dans notre article sur les logiciels de comptabilité pour association, comme un des meilleurs choix.

Les avantages d’AssoConnect :

  • Gestion des adhésions
  • Collecte de fonds (dons, paiements en ligne…)
  • Saisie comptable
  • Gestion de la TVA
  • Comptabilité analytique.

Côté limites, pas grand chose à dire, les limites que nous avons relevé concernent plutôt des fonctionnalités de gestion que de comptabilité. Pour en savoir plus, lire notre avis sur AssoConnect.

Georges : un logiciel de comptabilité dédié aux professions libérales (en BNC)

Pour nos lecteurs qui exercent en profession libérale, nous avons décidé d’inclure un logiciel de comptabilité qui vous est dédié. Et nous avons sélectionné Georges, le robot-comptable.

Logo Georges
Essai gratuit
  • Sans CB
  • Sans engagement

Georges, c’est un logiciel de comptabilité en ligne très simple à utiliser, et 100% dédié aux BNC, que vous pouvez essayer gratuitement (et vous pouvez même demander une démo).

Les avantages de Georges :

  • 100% en ligne, mises à jour incluses
  • Dédié aux BNC (et donc spécialisé)
  • Synchronisation bancaire
  • Calcul de la TVA
  • Catégorisation automatique
  • États comptables
  • Télédéclaration

Côté limites, sa force est aussi sa faiblesse : si vous n’être pas en profession libérale ET en BNC, alors il faudra nécessairement choisir un autre logiciel de comptabilité de notre liste. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Georges.

Zefyr : le logiciel de comptabilité à la tarification originale

Zefyr est un logiciel de comptabilité français, que nous avons sélectionné car il est relativement complet, avec notamment des modules de paie (en supplément).

Les avantages de ZEFYR :

  • Relativement complet
  • Module de gestion de paie (en option)
  • Liasse fiscale (en option)

Côté limites, ou plutôt côté point d’attention, nous avons relevé le système de tarification. Celui-ci évolue selon votre CA (et le nombre d’employés si vous optez pour la paie).

Nous avons fait le tour de notre sélection des logiciels de comptabilité en ligne, passons maintenant à une sélection de logiciels à télécharger.

Les meilleurs logiciels de comptabilité à télécharger

Vous êtes en effet encore nombreux à vouloir un logiciel de comptabilité (pour Mac ou PC) à télécharger. Souvent, ceux-ci proposent davantage de fonctionnalités, mais ils sont parfois plus coûteux (surtout dans la durée), et certains nécessitent même de la formation pour une prise en main optimale.

À notre avis, vous trouverez ici plutôt des logiciels de comptabilité pour PME ou TPE, mais nous avons aussi inclus un logiciel pour les auto-entrepreneurs.

Sage 50cloud Ciel Compta : le nouveau nom du logiciel de comptabilité Ciel Compta

Dans la gamme des logiciels de comptabilité à télécharger de Sage, déjà mentionné plus haut, on retrouve Sage 50cloud.

Sage est un éditeur de renom, et les logiciels CIEL existent depuis plus de 20 ans, autant dire qu’ils n’en sont pas à leur coup d’essai

Les avantages de Sage50cloud :

  • La profondeur fonctionnelle
  • La possibilité d’éditer son bilan et ses journaux

Côté limites, on relève surtout le prix, plus élevé que les solutions en ligne (même celles du même éditeur), et aussi le fait que ce logiciel de comptabilité ne fonctionne pas directement sur Mac (il vous faudra une partition Windows).

EBP Auto-Entrepreneur

Comme son nom l’indique, EBP Auto-Entrepreneur est le logiciel de comptabilité proposé par EBP aux Auto-Entrepreneurs.

Comme Sage et Quickbooks, EBP propose une gamme complète de logiciels. La version auto-entrepreneur à télécharger

Les avantages d’EBP Auto-Entrepreneur :

  • Dédié aux Auto-Entrepreneurs
  • Gestion des CESU et CESUP

Côté limites, on relève l’ergonomie et l’absence de compatibilité sur Mac. Il faudra renouveler la license tous les ans pour maintenir le logiciel à jour.

Les meilleurs logiciels de comptabilité gratuits

Terminons notre liste des logiciels de comptabilité avec une sélection de logiciels de comptabilité gratuits. Rappelons quand même que le prix ne fait pas tout, et que le temps gagné doit aussi être prix en compte. C’est souvent cet argument qui vous fera débourser quelques euros ou dizaines d’euros par mois pour une solution payante, au lieu d’une solution « gratuite ».

JePilote : le logiciel de comptabilité gratuit pour les artisans et TPE

JePilote, ou JePiloteMonEntreprise, est un logiciel de gestion relativement complet, qui intègre des modules de comptabilité.

Les fonctionnalités de base sont gratuits, et il existe depuis septembre 2019 des offres payantes.

Les avantages de JePilote :

  • Ergonomie
  • Nombreuses fonctionnalités gratuites

Côté limites, notons qu’il vous faudra passer à une offre Premium (12,90 ou 19,90€ par mois) pour bénéficier de certaines fonctionnalités dont le rapprochement bancaire ou l’application de gestion des notes de frais), et que le support n’est pas inclus dans l’offre gratuite.

Odoo : le logiciel de comptabilité open-source (ou presque)

Open-source jusqu’à peu, aujourd’hui « semi open-source », Odoo est un logiciel ERP complet, qui intègre des fonctionnalités comptables.

Voir le site
  • Création de devis NON inclus dans l’offre gratuite

Les avantages d’Odoo :

  • Un ERP complet
  • Nombreuses applications et intégrations
  • Fonctionnalités de saisie comptable et facturation gratuite

Côté limites, on note surtout, et c’est bien dommage, que le module devis n’est pas inclus dans l’offre gratuite. Si vous le voulez, il faudra soit payer pour le module de vente (ce qui rend le logiciel beaucoup plus cher), soit rajouter un logiciel de facturation gratuit (et cumuler du coup deux solutions, ce qui est moins pratique).

Tiime AE : le logiciel de comptabilité gratuit pour les auto-entrepreneurs

Tiime AE, c’est l’application web et mobile de comptabilité pour les auto-entrepreneurs éditée par Tiime.

Les avantages de Tiime :

  • Devis et factures
  • Rappel des seuils
  • Tenue des registres d’achat et recettes
  • Prévisionnel des cotisations

Côté limites, on note évidemment que ce logiciel de comptabilité n’est disponible que pour le statut de micro-entreprise.

Notre sélection de logiciels de comptabilité est maintenant terminée, mais il nous parait important pour terminer de vous présenter les critères pour choisir la solution la plus adaptée à vos besoins, qu’elle soit présente dans cette liste ou non.

Les critères pour choisir un logiciel de comptabilité

« Comment choisir son logiciel de comptabilité » est une question qui nous est souvent posée.

Même si nous parlons ici des meilleurs logiciels comptables, rappelons qu’il n’y a pas vraiment de meilleur logiciel, il y a surtout le logiciel de comptabilité le plus adapté à votre situation.

Voici donc une liste de critères à prendre en compte pour choisir la solution la plus adaptée à vos besoins.

Votre statut juridique

Premier critère, votre statut juridique. Le statut à un impact direct sur vos obligations comptables, et surtout la difficulté que vous aurez à tenir votre comptabilité vous-même.

Les professions libérales, les auto-entrepreneurs, les associations n’ont en effet pas les mêmes obligations comptables que les entreprises (en SASU/SAS , EURL/SAS), et les fonctionnalités des logiciels de comptabilité doivent s’adapter à ces obligations.

La taille de votre entreprise

Presque lié à votre statut juridique, mais pas que, la taille de votre entreprise aura une influence sur votre choix de logiciel de comptabilité. Votre chiffre d’affaire, la gestion des notes de frais, des employés, le nombre de fournisseurs ou de clients… influencent la complexité de votre comptabilité, et parfois le tarif de votre logiciel (quand il y a des limites d’usage par exemple).

Comparez les logiciels de comptabilité
Trouvez le logiciel adapté à votre statut et votre budget

Qui gère la comptabilté : interne ou externe ?

Autre critère, la question des ressources que vous dédiez à la comptabilité. Vous faites appel à un expert-comptable externe ? Vous avez des ressources internes ? Il faudra en tenir compte, notamment pour choisir une solution qui permet :

  • Soit les exports vers votre comptable (pour éviter la double saisie)
  • Soit de donner un accès directement (mais regardez bien l’impact sur le tarif)

Votre budget

Ah, le budget. C’est le critère de choix principal d’un logiciel (de comptabilité ou non d’ailleurs) pour beaucoup d’entre vous. Ceci dit, nous pensons sincèrement que la question du budget doit être abordée sur un angle plus large que simplement avec l’objectif de chercher un logiciel de comptabilité pas cher, voire gratuit. L’équation n’est pas si simple, entre le prix du logiciel et le temps passé à l’utiliser.

Notre conseil La question à vous poser est plutôt de savoir combien vaut votre temps d’entrepreneur, de freelance, de profession libérale… ?

Si vous prenez un logiciel de comptabilité gratuit, mais que vous devez y passer 2 jours par mois, combien seriez-vous prêt à payer pour n’y passer que 2 heures par mois ? Tenez en compte lorsqu’il s’agit de comparer les logiciels de comptabilité, et ne comparez pas que le prix.

Vos préférences d’usage

Bien choisir son logiciel comptable, c’est aussi choisir un logiciel qu’on ne rechignera pas à utiliser. Lors de notre sélection, nous avons relevé 2 critères d’usage principaux qui doivent orienter votre choix :

  • En ligne ou à télécharger (+ Mac ou Windows)
  • Mobile ou non

Nous avons une préférence affichée pour les logiciels de comptabilité en ligne, souvent plus simples, mis à jour automatiquement et utilisable de partout. Sachez quand même que les logiciels à télécharger peuvent vous convenir, surtout que certains possèdent une profondeur fonctionnelle plus importante.

Attention Si vous optez pour une solution à télécharger, renseignez-vous bien, car les logiciels de comptabilité sur Mac se font rares, et trouvez une solution pérenne pour vos sauvegardes.

Concernant le mobile, c’est un peu lié, mais si vous aimez éditer vos devis et factures voire gérer votre comptabilité sur mobile, ce sera impossible avec un logiciel à télécharger.

Les fonctionnalités attendues

Bien évidemment, la profondeur fonctionnelle est un critère de choix majeur, lui aussi indirectement lié à votre structure juridique, mais aussi à la taille de votre entreprise.

Parmi les fonctionnalités à considérer :

  • Type de comptabilité (générale, analytique, fonctionnelle…)
  • Devis et facturation
  • Gestion des immobilisations et stocks
  • Gestion de la trésorerie
  • Niveau de personnalisation
  • Langues et devises
  • Bilan et liasse fiscale
  • Gestion de la paie
  • Intégrations avec ERP, CRM ou logiciel de paie…
  • Connexion bancaire
  • Gestion multi-sites (filiales, succursales…)
  • TVA
  • Multi-fiscalité

Réfléchissez donc bien à l’étendue de vos besoins avant de vous lancer définitivement sur une solution. En cas de doute testez les solutions. La plupart des logiciels de comptabilité proposent en effet des essais gratuits (30 jours en général).

Ergonomie et facilité d’utilisation

Vous êtes aussi nombreux à chercher un logiciel de comptabilité simple. Encore une fois, testez donc les solutions proposées, pour voir si l’ergonomie est au rendez-vous, et surtout si vous arrivez à vous servir du logiciel sans avoir besoin de support ou formation (qui peuvent avoir un coût chez certains éditeurs).

L’écosystème

Terminons ces critères de choix avec l’écosystème des logiciels de comptabilité. Nous avons déjà mentionné les intégrations avec d’autres logiciels, donc nous faisons ici plutôt références aux revendeurs, partenaires, intégrateurs…Selon le type de solution vous en aurez besoin, ou non. Pour un logiciel de comptabilité open-source par exemple, c’est l’écosystème de développeurs qui va jouer. Pour d’autres logiciels à télécharger et à installer, c’est plutôt l’écosystème des intégrateurs / formateurs dont vous aurez besoin.

Enfin, pour tous les logiciels, il y a un partenaire à ne pas manquer : l’expert-comptable.

Souvent, vos experts-comptables utilisent eux aussi un logiciel comptable. Idéalement, utilisez le même, voire la même licence, pour faciliter la collaboration.

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FAQ

Un logiciel de comptabilité est-il obligatoire ?

Non, prendre un logiciel de comptabilité n’est pas obligatoire, mais peut vous faciliter la vie.

Par contre, les entreprises asujetties à la TVA qui enregistrent des règlements de leurs clients dans un logiciel de comptabilité ou de gestion doivent prendre un logiciel certifié loi anti-fraude à la TVA, comme ceux présentés ci-dessus.

Le fichier des écritures comptables (FEC), c’est quoi ?

Le fichier des écritures comptables (FEC) est le fichier dématérialisé que vous devez fournir à l’administration fiscale en cas de contrôle. Toutes les entreprises qui font leur comptabilité par un l’intermédiaire d’un logiciel de comptabilité doivent donc produire ce fichier pour chaque exercice.

Quel est le logiciel le plus utilisé en comptabilité ?

Dur à dire sans avoir les chiffres de chaque éditeur, mais Quickbooks, Sage ou encore EBP cité ci-dessus sont parmi les logiciels les plus utilisés.

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