Top 10 des logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur

Vous êtes nombreux à choisir un logiciel de comptabilité pour votre micro-entreprise, tant pour gagner du temps que pour limiter les erreurs (et ce même si les obligations comptables en micro restent limitées).

Pour vous aider à choisir votre outil, voici notre sélection des meilleurs logiciels de comptabilité pour les auto-entrepreneurs en 2025. Vous pourrez aussi vous appuyer sur nos critères de sélection fournis en deuxième partie pour faire le bon choix.

• Abby – Le meilleur pour son offre complète
• Indy – Le meilleur pour son compte pro gratuit
• Macompta.fr – Le meilleur pour son service client
• Sage 50 – Le meilleur pour sa gamme modulable
• Freebe – Le meilleur pour les fonctionnalités dédiées aux freelances
• Evoliz – Le meilleur pour son évolutivité
• Axonaut – Le meilleur pour centraliser sa gestion
• Sage Active – Le meilleur pour allier compta et factu
• Sinao – Le meilleur pour gérer son stock
• NeedMe – Le meilleur pour suivre son activité

Notre sélection des meilleurs logiciels de comptabilité pour micro-entreprise

Grâce à nos nombreux tests et essais sur les logiciels de comptabilité disponibles sur le marché, nous vous proposons une liste d’outils adaptés à votre statut. Il est toutefois bon de rappeler qu’il n’existe pas de meilleur logiciel de comptabilité pour tous les auto-entrepreneurs, mais bien un logiciel le plus adapté à vos besoins. 

Vous remarquerez que notre sélection contient uniquement des logiciels dits SaaS, utilisables directement en ligne. Plus modernes, avec un rapport qualité/prix plus intéressant et adaptés aux professionnels en mouvement, ils conviennent davantage à votre statut selon nous. Nous avons donc concentré notre sélection sur ce type de logiciel pour auto-entrepreneur, mais nous en citons quand même un à télécharger à la fin de cette liste.

Abby

Plus récemment arrivé sur le marché des logiciels de comptabilité pour les auto-entrepreneurs, Abby a de nombreux arguments pour plaire.

La création d’un compte est 100% gratuite sans limite de durée, et permet déjà de gérer la facturation et la comptabilité d’une micro-entreprise. On retrouve les fonctionnalités de création de devis et factures, la synchronisation bancaire et les déclarations Urssaf.

Abby est un logiciel de gestion tout-en-un pour les auto-entrepreneurs. Il rassemble toutes les fonctionnalités nécessaires à la gestion administrative et au pilotage de votre activité. De la facturation aux déclarations obligatoires en passant par la gestion de votre portefeuille de clients et des tâches, rien n’est oublié. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Abby.

Indy

Indy est un logiciel de comptabilité qui conviendra aux micro-entreprises grâce à sa simplicité d’utilisation et son niveau d’automatisation.

On retrouve les principales fonctions d’un logiciel de compta pour auto-entrepreneur avec la synchronisation bancaire, les nombreuses automatisations pour créer vos devis et factures mais aussi générer vos livres et registres. Vous pouvez également réaliser votre déclaration de Chiffre d’Affaires à l’URSSAF ou votre déclaration de TVA directement dans l’outil. Enfin, vous pouvez bénéficier d’un Compte pro entièrement gratuitement.

BIC ou BNC sont tous deux acceptés. Leur application mobile vous permettra de tenir votre comptabilité aisément en quelques minutes par mois. Côté point d’attention, le tarif est un plus élevé que certains plans tarifaires d’autres logiciels de notre sélection, mais l’offre est aussi plus riche (avec son compte pro gratuit notamment). Pour en savoir plus, lire notre avis sur Indy.

MaCompta.fr

Avec une version dédiée aux auto-entrepreneurs, Macompta.fr propose un outil adapté parmi les moins chers du marché. Très complet, il reste très simple à utiliser et sera facilement accessible par les plus novices.

Toutes les fonctions nécessaires à la tenue de votre comptabilité sont présentes, avec en prime un module de facturation. Ce module est gratuit pour les auto-entrepreneurs qui optent pour le module de comptabilité au coût de 8€. Vous pouvez ainsi centraliser toute votre gestion. Facile à prendre en main, il est accessible même par les plus novices.

C’est une des raisons pour lesquelles macompta.fr est souvent cité comme un des meilleurs logiciels de compta pour auto-entrepreneur. Pour en savoir plus, lire notre avis sur macompa.fr.

Freebe

Si vous faites quelques recherches sur les logiciels de comptabilité pour micro-entreprise, vous tomberez forcément sur Freebe : un logiciel de compta entièrement conçu pour les freelances. C’est donc sans surprise qu’il fait partie de notre sélection !

Ses fonctionnalités sont conçues pour répondre aux besoins précis et spécifiques des freelances, et notamment ceux en micro-entreprise. Vous pouvez créer le registre des dépenses et des recettes de façon automatique. On retrouve aussi la synchronisation avec l’URSSAF pour l’automatisation des déclarations. Enfin, le module de facturation est complet, avec notamment un mode projet pour une facturation du client au temps.

Comme tout bon logiciel de gestion, il inclut aussi la synchronisation bancaire et des tableaux de bord de suivi. Côté limite, la personnalisation des documents commerciaux est un peu restreinte, comparé à d’autres outils. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Freebe.

Sage 50

Proposé par le célèbre éditeur de logiciels de gestion, Sage 50 est un logiciel de comptabilité et de gestion puissant et intuitif.

La gamme de logiciels Sage 50 est composée de modules indépendants, que vous pouvez décider de combiner. Le module Comptabilité assure l’intégralité de votre gestion comptable : de la tenue comptable jusqu’à la télédéclaration de TVA mais aussi la comptabilité analytique. Vous pouvez aussi opter pour le module Gestion pour une solution plus complète (facturation, gestion de catalogue, gestion du stock, …).

Sage 50 s’adresse aux auto-entrepreneurs mais est évolutif puisqu’il convient aussi aux indépendants et TPE. Il se distingue par le service d’assistance à la carte et ainsi que l’expertise et la qualité du support client. L’essai gratuit dure 30 jours puis les tarifs démarrent à partir de 19€/mois. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Sage 50.

Evoliz

Evoliz est un logiciel français de facturation et de comptabilité qui convient aux micro-entrepreneurs.

Evoliz est avant tout un logiciel de facturation mais il possède toutes les fonctionnalités nécessaires pour la tenue comptable d’une micro-entreprise. On retrouve la synchronisation bancaire, le suivi de la trésorerie ou encore l’export comptable. Vous pourrez aussi gérer toute votre facturation avec un suivi avancé des factures.

Performant et très complet, Evoliz vous fait gagner du temps une fois pris en main. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Evoliz.

Axonaut

Axonaut est un logiciel tout-en-un qui vous permet de gérer la comptabilité mais aussi de gérer d’autres aspects de votre auto-entreprise : CRM, facturation, stocks.

Avec une unique offre tout inclus, Axonaut devient l’outil indispensable pour optimiser la gestion de votre auto-entreprise. Enrichie de votre base client et votre catalogue, l’interface épurée d’Axonaut vous permet ainsi de gérer votre facturation, vos stocks, vos fournisseurs et préparer votre tenue comptable en quelques clics. Toutes vos données sont centralisées et synchronisées pour vous faire gagner un temps considérable sur votre gestion.

Très facile à prendre en main, on apprécie aussi la disponibilité et la réactivité du service client. Tous les modules sont compris dans l’offre à partir de 41,99€/mois. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Axonaut.

Sage Active

Proposé par l’éditeur de logiciels de gestion mondialement connu, Sage Active est un logiciel de comptabilité et facturation pour les auto-entrepreneurs.

Conforme à la facturation électronique, la première formule se concentre sur les fonctionnalités de facturation et de gestion commerciale, vous permettant de réaliser vos devis et factures rapidement grâce aux nombreuses automatisations. Pour gérer votre comptabilité, il faut opter pour la formule supérieure. Plus complète, elle permet de centraliser toute la gestion de votre activité sur un même outil. Saisie comptable automatisée et synchronisation bancaire font gagner beaucoup de temps.

Simple à prendre en main et à utiliser, Sage Active se concentre sur l’essentiel. Il reste toutefois très évolutif puisqu’il convient aux TPE jusqu’à 19 salariés. Les tarifs sont clairs et transparents et on apprécie l’essai gratuit pour tester l’outil. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Sage Active.

Sinao

Logiciel de gestion complet, Sinao propose une formule de gestion de la comptabilité adaptée à votre statut.

Son interface web et mobile est facile à prendre en main. Les nombreuses fonctionnalités vous feront gagner du temps sur votre gestion comptable (comme par exemple la synchronisation bancaire). Vous disposerez aussi d’un outil de facturation performant.

Point d’attention, le tarif mensuel de la formule est un peu plus élevé que Freebe par exemple, mais Sinao a l’avantage de s’adresser à toutes les professions. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Sinao.

NeedMe

Autre outil sur le marché des logiciels de compta pour auto-entrepreneur, NeedMe a le mérite de s’adresser à toutes les professions.

Avec Needme, vous pouvez éditer automatiquement le registre des dépenses et des recettes et profiter des déclarations automatisées avec l’URSSAF. Needme vous aide à suivre vos finances et vous alerte lorsque vous dépassez le seuil de TVA.

On apprécie aussi particulièrement l’interface, très facile à utiliser et surtout le tarif : un des plus bas du marché. Côté limite, on attend surtout la synchronisation bancaire qui permettra de gagner encore plus de temps dans votre gestion quotidienne. Pour en savoir plus, lire notre avis sur NeedMe.

Terminons cette sélection avec d’autres logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneurs qui ont aussi bonne réputation, mais que nous n’avons pour le moment pas eu l’occasion de tester : mon-autoentreprise.fr, gest4u, JePilote.

Tableau comparatif des meilleurs logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur

Maintenant que vous connaissez la liste des meilleurs logiciels comptables pour une micro-entreprise, vous vous demandez sûrement lequel choisir ! Voici un tableau comparatif qui présente les principales fonctionnalités.

	Facturation	Rapprochement bancaire	Télédéclaration	Application mobile
Abby
Freebe
Indy
Sage 50
Evoliz
Axonaut
Sage Active
Sinao
Needme
macompta.fr

Comme vous l’aurez compris, tous ces logiciels comptables incluent un module de facturation. Ensuite, quelques différences existent entre les outils. Pour plus d’informations sur les tarifs, nous vous proposons un second tableau comparatif un peu plus loin dans cet article !

Pourquoi prendre un logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur ?

Même si la comptabilité en micro est simplifiée (par définition), elle reste partie intégrante de la gestion de la micro-entreprise. S’équiper d’une bonne solution de gestion de comptabilité présente plusieurs avantages. 

Gagner du temps

Le temps passé à votre comptabilité est du temps en moins passé sur votre cœur d’activité. Certains choisissent de tenir leur comptabilité à la main (ou encore sur Excel même si c’est fortement déconseillé). Cependant, en utilisant un logiciel de comptabilité pour micro-entreprise, vous êtes sûr de gagner du temps et de limiter les risques d’erreur.

De plus, les logiciels de comptabilité embarquent souvent d’autres fonctionnalités. On y trouve par exemple un module de facturation adapté aux micro-entreprises vous permettant de centraliser toute votre gestion sous un seul outil. Vous êtes ainsi plus efficace et gagner du temps.

Protéger ses données

Les logiciels de comptabilité en ligne sont des outils sécurisés qui respectent des normes exigeantes en termes de protection et de confidentialité des données. Vos données sont sauvegardées sur des serveurs hautement sécurisés vous assurant la sécurité de vos informations, davantage en tout cas qu’un stockage sur un disque dur d’ordinateur uniquement.

Respecter les obligations légales

En utilisant un logiciel, vous êtes quasi sûr de respecter les obligations aussi bien sociales que fiscales propres à votre statut d’auto-entrepreneur : tenue de registre, déclaration de chiffre d’affaires, etc. La plupart des logiciels de notre sélection vous rappellent les échéances obligatoires et les dépassements de seuil de la micro-entreprise. Ils respectent aussi les obligations en matière de facturation.

Travailler depuis n’importe où

Les logiciels en ligne de notre sélection ont pour avantage d’être accessibles depuis partout. Une connexion internet et un ordinateur, une tablette ou un smartphone suffisent. Vous pourrez donc gérer votre micro-entreprise de partout, et même en déplacement. Vous bénéficiez aussi des dernières mises à jour, concernant aussi bien les fonctionnalités de l’outil que les règles légales.

Comment bien choisir son logiciel de comptabilité quand on est auto-entrepreneur ?

Notre sélection des meilleurs logiciels pour auto-entrepreneurs est fondée sur des critères qui nous paraissent importants au vu des spécificités de votre statut. Bien évidemment, il s’agira de choisir surtout un logiciel qui conviendra le mieux à votre situation, votre activité, vos préférences. Pour vous aider à faire votre choix, voici les critères à prendre en considération avant de prendre votre décision.

Un logiciel dédié ou non ?

Certains logiciels sont entièrement et uniquement dédiés aux micro-entreprises, alors que d’autres sont ouverts à d’autres statuts. Les premiers, tels que Abby ou Freebe, auront donc des fonctionnalités plus restreintes et limitées uniquement à ce dont vous aurez besoin. Pour les autres, il faudra identifier au préalable les fonctions dont vous vous servirez et ignorez les autres. 

Par contre, si votre entreprise évolue et change de statut pour devenir une société, il faudra alors changer de logiciel (avec le risque de perdre l’historique de votre comptabilité). Des logiciels non dédiés comme Evoliz ou Sinao pourront être conservés si vous changez de statut juridique (passer d’auto-entrepreneur à SASU par exemple).

Vos préférences d’usages

Vous l’aurez compris avec la lecture de ce guide, les logiciels en ligne ont notre préférence. Plus modernes, plus simples, mis à jour automatiquement, disponibles partout, ils présentent de nombreux avantages. Mais il existe aussi des logiciels de comptabilité pour micro-entreprise à télécharger, comme EBP Auto-entrepreneur par exemple. Si vous préférez cette option, pensez à vérifier leur compatibilité PC et/ou Mac, les fonctions incluses et les règles concernant leurs mises à jour et le support.

Les fonctionnalités

Les fonctionnalités du logiciel sont un critère primordial. Il faudra les comparer avec vos besoins et décider si toutes les fonctionnalités présentes remplissent vos attentes envers ce logiciel.

D’autres offrent de réels avantages telles que la télédéclaration à l’URSSAF, la synchronisation bancaire, une application mobile dédiée et l’intégration de fonctions de facturation.

Enfin, certains métiers imposent des besoins différents, comme les artisans. Ceux-ci préfèrent alors parfois cumuler deux outils : un logiciel devis-facture bâtiment et un logiciel de gestion / comptabilité plus complet. À vous donc de lister vos besoins et de trouver le logiciel qui y répondra au mieux. 

Le tarif

Même si c’est un critère important, le prix du logiciel doit être jugé dans son ensemble. Bien évidemment, le coût actuel que vous aurez à payer chaque mois pour utiliser le logiciel est à prendre en considération. Mais ce prix est aussi à évaluer en fonction du temps gagné sur votre comptabilité, du degré de professionnalisation de votre gestion de micro-entreprise, de l’assurance de la conformité aux obligations légales, …

Les logiciels de comptabilité gratuits pour micro-entreprise sont attrayants. Mais évaluez aussi leurs limites. Il y a souvent moins d’automatisation, donc ils requièrent plus de temps. Ils sont moins complets donc vous serez contraint à utiliser d’autres outils en complément.

Combien coûte un logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur ?

Beaucoup d’entre vous souhaitent privilégier un logiciel de comptabilité pour micro-entreprise gratuit. On comprend pourquoi, mais comprenez aussi qu’ils ne fournissent pas forcément le même niveau de services que des outils payants.

Et même si la comptabilité en micro est simplifiée, dépenser quelques euros par mois pour un logiciel est souvent facilement justifié, surtout s’il s’agit d’outils plus modernes, plus complets, incluant les mises à jour, etc. De plus, et sous certaines conditions, il est possible de bénéficier d’une réduction d’impôt pour l’abonnement à votre logiciel de comptabilité.

Pour vous donner un ordre d’idée, voici un tableau comparatif des tarifs des logiciels de notre sélection.

	Prix d’appel	Nombre de formules	Essai gratuit	Offre
Abby	0€	3		Essai gratuit
Freebe	12,50€	1		2 mois offerts
Indy	0€	2		1 mois offert
Sage 50	19€	3		Essai gratuit
Evoliz	16€	3		15 jours offerts
Axonaut	41,99€	1		15 jours offerts
Sage Active	25€	2		Essai gratuit
Sinao	0€	4		1 mois offert
Needme	5€	3		1 mois offert
macompta.fr	8€	À la carte		Essai gratuit

Si le budget reste un critère important pour vous, voici quelques logiciels qui pourront faire l’affaire, et qui sont gratuits. On commence avec Abby qui propose une formule gratuite « Basique ». Elle vous permet de gérer votre facturation et d’éditer le livre d’achats et recettes. Si vous voulez profiter des autres fonctionnalités, 2 formules payantes complètent l’offre. La formule gratuite d’Indy permet de gérer sa comptabilité seule, mais vous ne pourrez pas réaliser les déclarations.

Autre logiciel 100% en ligne et gratuit, MyAE est aussi dédié à ce statut. Enfin, Odoo propose également une formule gratuite.

Dans tous les cas, cette sélection sera amenée à évoluer en fonction de nos futurs tests et des évolutions des logiciels.

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