Fini Excel : en 2026, la facturation électronique devient la norme. Pour un auto-entrepreneur, choisir le bon logiciel est crucial pour rester conforme et gagner du temps. Mais entre les solutions gratuites et payantes, laquelle convient réellement à votre métier ? Nous avons testé et comparé les meilleurs logiciels de facturation auto-entrepreneur. Découvrez notre sélection actualisée pour simplifier votre gestion administrative dès aujourd’hui.
- Shine Facture – Prise en main immédiate et ultra-intuitive
- Qonto Facturation – Le meilleur pour son compte pro complet
- TeamSytem Facture – Le meilleur pour la simplicité et la conformité
- Tiime – Facturation sans aucune limite, 100 % gratuite
- Evoliz – Automatisation optimalaxe de vos relances et saisie
- Indy – Compte bancaire pro directement intégré
- Tolteck – Édition de vos devis sur le terrain, même sans réseau
- Abby – Gestion tout-en-un de votre micro-entreprise
- Freebe – Taillé sur mesure pour les freelances
- Obat – Chiffrage fiable grâce à la bibliothèque de prix Batichiffrage
- Axonaut – Centralisation de toute votre gestion commerciale au même endroit
Notre sélection des meilleurs logiciels de facturation pour auto-entrepreneur
Pour vous aider à trouver votre futur logiciel de facturation, nous avons sélectionné 11 logiciels adaptés aux micro-entreprises et qui sont, selon nous, les meilleurs du marché. Certains sont uniquement dédiés aux auto-entrepreneurs, alors que d’autres sont évolutifs.
Shine Facture
Shine Facture est l’outil de facturation proposé par Shine, l’un des meilleurs comptes pro en ligne.
- Devis et factures illimités
- Formule 100% gratuite
- Service client 7j/7
- Offre gratuite limitée à 5 clients/mois
Avec Shine Facture, vous pouvez éditer des devis et factures en illimité, les personnaliser et les envoyer par email. L’interface est épurée et intuitive. On se concentre sur l’essentiel, tout en restant en conformité. La solution de facturation dispose aussi d’un module de gestion des dépenses et de préparation de la comptabilité. Shine, c’est aussi un compte pro en ligne particulièrement adapté aux auto-entrepreneurs.
Shine assure un service client de qualité 7 jours sur 7, Élu Service Client de l’Année 2026. Vous pouvez choisir parmi trois formules, dont une gratuite. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Shine Facture.
Qonto Facturation
Compte bancaire en ligne largement plébiscité par les auto-entrepreneurs, Qonto propose également des outils de gestion, dont une solution de facturation 100% gratuite.
- Devis et factures illimités
- Paiement en ligne
- Compte pro en ligne très complet
- Pas de signature électronique
La création de devis et de factures est illimitée et inclut les factures récurrentes ou d’abonnement. Vous pouvez transmettre à vos clients un lien de paiement pour qu’ils règlent en ligne. L’outil de facturation de Qonto vous permet également de gérer vos dépenses, et notamment les notes de frais et factures fournisseurs. Grâce à la centralisation des opérations, Qonto vous aide à préparer votre comptabilité.
Avec Qonto Facturation, vous pouvez utiliser une plateforme de dématérialisation partenaire gratuite. Les plans supérieurs vous permettent d’accéder à un compte pro en ligne parmi les meilleurs du marché et des outils de gestion de trésorerie. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Qonto Facturation.
TeamSystem Facture
Spécialiste de la facturation électronique, TeamSystem Facture est une solution simple et complète pour les auto-entrepreneurs.
- Simple et abordable
- Paiement en ligne inclus
- Application mobile
- Paiement en ligne
TeamSystem Facture vous permet d’être en conformité avec la facturation électronique puisqu’il gère la réception et l’émission de factures. Vous pouvez créer des devis et bons de commande illimités et gérer les factures fournisseurs et notes de frais. Concernant la facturation, seules les factures électroniques en B2B et soumises à l’e-invoicing sont limitées. Toutes les autres peuvent être créées en nombre illimité (sauf avec la formule Réception).
Vous pouvez choisir entre trois formules selon vos besoins. Les tarifs sont abordables et un essai gratuit de 14 jours vous permet de tester la solution avant de vous engager. Pour en savoir plus, lire notre avis sur TeamSystem Facture.
Tiime
Tiime est un logiciel de gestion qui inclut un module de facturation 100% gratuit.
- Offre gratuite avec facturation illimitée
- Documents personnalisables
- Outil évolutif
- Pas de fonctions comptables dédiées aux AE
C’est une offre complète pour créer des devis et factures personnalisés, gérer vos achats et dépenses et documents comptables. Il propose même un compte bancaire professionnel. Les encaissements sont accélérés grâce aux liens de paiement ou aux prélèvements. L’interface est ergonomique et très facile à utiliser.
Accessible à tous les statuts, il pourra vous suivre dans la croissance de votre auto-entreprise. L’offre est composée d’une formule gratuite dédiée à la facturation puis de deux formules payantes plus complètes. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Tiime.
Evoliz
Logiciel 100% français, Evoliz vous permet de gérer votre facturation et de piloter votre activité.
- Nombreuses automatisations
- Paiement en ligne des factures
- Essai gratuit
- Prise en main un peu complexe
La création d’un devis ou d’une facture s’effectue en quelques clics. On apprécie les fonctions de suivi des factures (visualisation par les clients, relances, …) et la possibilité de payer en ligne. De nombreux processus sont automatisés et font gagner pas mal de temps. Gestions de la relation client, du stock et des fournisseurs sont aussi incluses.
Vous pouvez choisir entre trois formules tarifaires et bénéficiez d’un accompagnement individuel pour installer l’outil. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Evoliz.
Indy
Logiciel de comptabilité et facturation très complet, Indy propose une offre très abordable dédiée aux auto-entrepreneurs.
- Formule gratuite
- Synchronisation bancaire
- Compte pro inclus
- Pas de paiement ou signature en ligne
Le module de facturation Indy vous permet de créer des documents commerciaux personnalisés en illimité. Il dispose aussi d’un catalogue de produits et de modèles pour gagner du temps lors de l’édition de vos devis et factures. Mais le point fort d’Indy, c’est surtout la centralisation de plusieurs modules. Ainsi, vous pouvez gérer votre facturation, mais aussi l’ensemble de votre comptabilité et même bénéficier d’un compte pro bancaire gratuit.
Indy est une solution de gestion complète et agréable à utiliser. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Indy.
Tolteck
Avec Tolteck, nous avons sélectionné un logiciel devis et facture spécialisé pour les artisans du bâtiment. Tolteck appartient au groupe Saint-Gobain.
- Spécialiste des artisans
- Accessible hors ligne
- Bibliothèque d’ouvrages et matériaux
- Pas de synchronisation bancaire
Les fonctionnalités de ce logiciel de facturation du bâtiment sont multiples : gestion des clients, gestion des matériaux, édition de devis et de factures, tableau de bord,… Et tout ça, avec une simplicité d’utilisation qui ravira les néophytes. Le tableau de bord est utile pour les artisans pressés qui souhaitent savoir d’un coup d’œil où en sont leurs règlements.
On apprécie enfin le service client gratuit et disponible, qui propose en plus une démonstration gratuite du logiciel. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Tolteck.
Abby
Plus récemment arrivé sur le marché des logiciels de facturation pour les auto-entrepreneurs, Abby a de nombreux arguments pour plaire.
- Formule gratuite
- Signature et paiement en ligne
- Synchronisation bancaire
- Pas d'application mobile
La création d’un compte est 100% gratuite sans limite de durée, et permet déjà de gérer la facturation et la comptabilité d’une micro-entreprise. Vous pouvez créer devis et factures et gérer votre fichier client pour accélérer le processus de facturation. La synchronisation bancaire est incluse ainsi que les déclarations URSSAF en un clic. L’outil de time-tracking peut être utilisé pour facturer vos clients. Vous pouvez aussi leur proposer de signer leur devis ou payer leur facture en ligne.
Facile à prendre en main et à utiliser, le logiciel inclut un centre d’aide en ligne et un service client réactif. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Abby.
Freebe
Freebe est un logiciel de facturation en ligne dédié indépendant (auto-entrepreneur, SASU/SAS, EURL/SARL). Toutes ses fonctionnalités sont particulièrement adaptées à l’activité du freelance.
- Conçu pour les freelances
- Facile à utiliser
- Facturation et comptabilité
- Personnalisation limitée des factures
Outre la création de devis et de factures, il permet aussi de créer un livre de recettes et de dépenses, d’automatiser les déclarations auprès de l’URSSAF, de suivre le temps grâce au module de time-tracking, …. En plus, les auto-entrepreneurs peuvent synchroniser l’outil avec leur banque pour une gestion facilitée et en temps réel. Un tableau de bord permet de suivre sa trésorerie d’un coup d’œil.
L’interface a tout pour plaire aux auto-entrepreneurs qui souhaitent utiliser un outil intuitif et moderne. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Freebe.
Obat
Lui aussi dédié aux artisans du BTP, le logiciel de facturation Obat fait gagner du temps simplement.
- Bibliothèque de prix Batichiffrage
- Facturation et comptabilité
- Signature électronique des devis
- Pas de synchronisation bancaire
Ce logiciel français permet bien évidemment de créer devis et factures en quelques clics. Mais l’avantage incontestable de cet outil est la possibilité de créer une bibliothèque d’ouvrage pour un meilleur suivi des paiements des fournisseurs, des coûts des matériaux, etc. Obat inclut également un tableau de bord pour piloter votre activité, des outils marketing pour développer votre activité et vous aide dans la préparation de votre comptabilité.
Une grille tarifaire simple et transparente, un accompagnement réactif et une prise en main facile sont les autres arguments en faveur d’Obat. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Obat.
Axonaut
Solution tout-en-un très complète, Axonaut est un logiciel de facturation mais aussi de CRM, comptabilité et trésorerie.
Enrichie de votre base client et votre catalogue, l’interface épurée d’Axonaut vous permet ainsi de créer devis, factures et bons de commande en quelques clics. Il est bien évidemment conforme à la future législation puisqu’il permet de créer des factures Factur-X. Vous pouvez aussi proposer le paiement en ligne (par CB ou prélèvement) à vos clients. Plus qu’un logiciel de facturation, Axonaut regroupe de nombreuses autres fonctionnalités pour la comptabilité, la trésorerie et le CRM. Toutes vos données sont centralisées et synchronisées pour vous faire gagner un temps considérable sur votre gestion.
- Logiciel de gestion tout-en-un
- Fonctions de relation client avancées
- Tarification transparente
- Un peu cher si pas entièrement exploité
Avec Axonaut, vous accédez à l’ensemble des fonctionnalités au tarif unique de base à partir de 41,99€/mois pour un utilisateur (tarif variable selon la durée d’engagement, utilisateurs additionnels en option). Pour en savoir plus, lire notre avis sur Axonaut.
Terminons cette section avec une recommandation : faites un tour du côté de notre comparatif complet des logiciels de facturation. Vous verrez que même si nous avons fait une sélection ici, il existe d’autres logiciels spécialisés (comme NeedMe) ou encore généralistes qui feront tout à fait l’affaire pour les auto-entrepreneurs. Si vous êtes prestataire des services auprès de particuliers, jetez un œil du côté des logiciels compatibles avec l’API Tiers de prestation pour pouvoir proposer l’Avance immédiate de crédit d’impôt.
Nous vous encourageons à en tester plusieurs pour vous faire votre propre opinion !
Tableau comparatif des logiciels devis facture auto-entrepreneur
Pour vous aider à comparer les offres des logiciels de facture pour auto-entrepreneur, voici les principales caractéristiques de chacun des outils de notre sélection.
| Logiciel | Pour qui ? | Connexion bancaire | Gestion comptable | Tarif mensuel (à partir de) | Essai gratuit |
|---|---|---|---|---|---|
| Shine Facturation | Généraliste | 0€ | 30 jours | ||
| Qonto Facturation | Généraliste | 0€ | 30 jours | ||
| Tiime | Généraliste | 0€ | 2 mois | ||
| TeamSystem Facture | Généraliste | 3,90€ | 14 jours | ||
| Evoliz | Généraliste | 16€ | 15 jours | ||
| Indy | Généraliste | 0€ | 30 jours | ||
| Tolteck | BTP | 19€ | 30 jours | ||
| Abby | Généraliste | 0€ | 14 jours | ||
| Freebe | Généraliste | 12,50€ | 30 jours | ||
| Obat | BTP | 29€ | 14 jours | ||
| Axonaut | Généraliste | 41,99€ | 15 jours |
Facturation auto-entrepreneur : quelques rappels
D’un point de vue légal, un auto-entrepreneur est soumis à l’obligation d’éditer une facture lorsqu’il vend un produit ou une prestation de service à un autre professionnel et seulement dans certains cas pour les particuliers (vente à distance, montant supérieur à 25€ TTC,…). Dans les faits, une facture sert de preuve quant à la réalisation d’une opération entre deux professionnels ou un professionnel et un particulier, mais également de justificatif pour la comptabilité de l’auto-entrepreneur.
Une facture doit répondre à un certain formalisme et les obligations liées sont :
- conserver la facture pendant au minimum 10 ans ;
- la rédaction doit être en français ;
- vous devez l’éditer en deux exemplaires.
Sans oublier, les mentions obligatoires d’une facture :
- la date de la facture ;
- le numéro de facture (les factures doivent être numérotées de manière unique, dans une séquence chronologique et sans aucun trou) ;
- la date de livraison ou d’exécution de la prestation ;
- l’identité du client ;
- l’identité de l’auto-entrepreneur ;
- la désignation des prestations réalisées ou du produit vendu ;
- le prix (unitaire et global) ;
- la majoration et la réduction de prix ;
- la TVA (si applicable) ;
- la somme totale ;
- la date de paiement ;
- le taux des pénalités de retard.
Entre toutes les mentions obligatoires et la numérotation des factures, les auto-entrepreneurs ont tout intérêt à utiliser un logiciel de facturation.
Les avantages d’un logiciel pour gérer sa facturation en auto-entrepreneur
Le gain de temps
Pour la plupart des auto-entrepreneurs, la facturation est une mission additionnelle dont ils se passeraient bien. Alors pour se concentrer sur leur cœur d’activité et moins sur les tâches administratives, mieux vaut les automatiser. C’est justement pour cette raison que les logiciels de facturation sont si prisés des freelances et indépendants solo. Ils permettent en effet de gagner un temps précieux sur toutes les tâches d’édition de factures, de gestion des comptes, de déclaration URSSAF, etc…
L’accessibilité
Grâce à un logiciel de facturation, l’auto-entrepreneur peut éditer ses factures n’importe où : dans son bureau à l’aide de son ordinateur ou chez le client avec une tablette ou un smartphone. En effet, la plupart des logiciels sont accessibles depuis une multitude de dispositifs. Par ailleurs, vous pouvez choisir entre les outils à télécharger et ceux disponibles en ligne.
Le respect des obligations légales
Comme vu précédemment, la facturation des auto-entrepreneurs est soumise à un formalisme assez élevé (notamment du fait de toutes les mentions obligatoires exigées et de la numérotation). Alors pour éviter toute erreur ou tout oubli, utilisez un logiciel de facturation ! En plus de la réduction des erreurs humaines, ces outils pallient le manque d’information puisqu’ils se mettent à jour automatiquement en fonction des nouvelles lois en vigueur.
Les autres fonctionnalités
Outre la facturation, la majorité des logiciels présentés vous proposent des fonctionnalités pour simplifier la gestion de votre activité au quotidien. Que ce soit pour le CRM de votre auto-entreprise, mais aussi, la comptabilité, les stocks ou encore les relations fournisseurs, chaque fonction vous permet de vous consacrer à l’essentiel : votre business. Vous disposez aussi de tableaux de bord, suivi et analyse statistiques qui vous présentent en un coup d’œil la situation de votre activité.
Les critères de choix d’un logiciel de facturation auto-entrepreneur
Les fonctionnalités
C’est l’un des premiers critères pour choisir son logiciel de facturation auto-entrepreneur. Vous devez alors vous poser une première question : souhaitez-vous un simple logiciel de facturation ou un outil de gestion ?
Tous les logiciels de facturation pour auto-entrepreneur vous permettent d’éditer des devis et factures, de les envoyer à vos clients, de suivre les paiements, etc… Ensuite, certains vont plus loin avec des fonctionnalités de gestion plus avancées. Les logiciels de facturation pour auto-entrepreneur permettent généralement de gérer votre comptabilité en ligne par la même occasion.
Si votre objectif est de minimiser le temps passé sur les tâches administratives, choisissez le logiciel le plus complet possible. Listez les fonctionnalités auxquelles vous souhaitez accéder, telles que la gestion client, la déclaration URSAFF automatisée, la synchronisation bancaire, et sélectionnez les outils qui vous le permettent.
Le prix
De 0 à 30 € par mois, on trouve des logiciels de facturation à tous les prix. Avant de faire votre choix, vous pouvez commencer par déterminer le budget que vous souhaitez y consacrer. Opter pour un logiciel de facturation pour auto-entrepreneur gratuit ou pour l’outil le moins cher n’est pas toujours pertinent. Certains logiciels de facturation pour auto-entrepreneur sont gratuits et peuvent tout à fait vous convenir. Mais plutôt que de ne s’arrêter que sur le prix, essayez d’évaluer le temps qu’un tel logiciel peut vous faire gagner.
Les évolutions possibles
Si vous êtes auto-entrepreneur, vous savez sans doute qu’il existe plusieurs plafonds au statut de micro-entreprise ; un pour le passage en TVA et l’autre pour le statut. Ainsi, si vous dépassez les 72 600 € de chiffre d’affaires annuel, vous n’aurez d’autres choix que de changer de statut juridique. Or, tous les logiciels ne s’adaptent pas d’un statut à l’autre.
Vous devez donc réfléchir à l’avenir de votre entreprise. Pensez-vous rester en dessous de ce seuil pour l’année à venir ou au contraire le dépasser ? Si vous n’y réfléchissez pas en amont, vous devrez sans doute changer de logiciel. Pour le coup, c’est une perte de temps qui peut facilement être évitée. Dans ce cas-là, nous vous conseillons d’opter pour un logiciel de facturation évolutif, comme Axonaut ou INFast par exemple.
Pensez aussi aux nouvelles réglementations sur la facturation électronique de l’auto-entrepreneur. Si vous êtes assujetti à la TVA, la nouvelle réforme vous concerne.
Les modalités d’usage
Logiciel à télécharger, disponible en ligne, sur PC, Mac, tablette ou smartphone : ce sont autant de possibilités proposées par les logiciels de facturation. Le choix se base sur vos habitudes, vos préférences d’utilisation. Si vous êtes un auto-entrepreneur nomade, choisissez plutôt un logiciel en ligne à utiliser partout, avec une application mobile. N’hésitez pas à profiter des périodes d’essai souvent proposées par les prestataires pour tester le logiciel avant de vous lancer.
FAQ
Un logiciel de facturation pour auto-entrepreneur est-il obligatoire ?
Le logiciel de facturation n’est pas obligatoire pour les auto-entrepreneurs. Néanmoins, il est fortement recommandé, à la fois pour éviter les erreurs, mais aussi pour simplifier la gestion de l’activité.
Existe-t-il des logiciels de facturation auto-entrepreneur gratuits ?
Oui, vous pouvez trouver un logiciel de facturation pour auto-entrepreneur gratuit. Les fonctionnalités sont assez limitées mais peuvent suffire si vos besoins sont simples.
Quel logiciel de facturation pour auto-entrepreneur ?
C’est à vous de choisir le logiciel en fonction des critères de choix qui vous importe le plus, comme le prix, les fonctionnalités, l’évolution de la structure juridique ou encore les modalités d’usage.
Quel est le meilleur logiciel devis facture pour auto-entrepreneur ?
Notre sélection inclut les meilleurs logiciels de facturation pour auto-entrepreneur, dont Abby, Freebe, Tolteck, ou encore Sage 50. À vous de voir celui qui vous convient le mieux !
