Meilleur expert-comptable en ligne pour auto-entrepreneur

La comptabilité est l’une des tâches incontournables d’un entrepreneur. Même si pour eux elle est simplifiée, les micro-entrepreneurs ne font pas exception à la règle. Ils ont des obligations comptables et deux façons de gérer leur comptabilité : le faire seul ou se faire accompagner par un expert-comptable. Découvrez notre sélection des meilleurs experts-comptables en ligne pour auto-entrepreneur, leurs avantages et les critères de choix.

Voici les 4 meilleurs experts-comptables en ligne pour auto-entrepreneur en 2025 :

• Dougs – Le meilleur pour son accompagnement d’expert
• Indy – Le meilleur pour son compte pro inclus
• Abby – Le meilleur pour centraliser la gestion des auto-entreprises
• Livli – Le meilleur pour son offre évolutive

Notre sélection des meilleurs experts-comptables pour les auto-entrepreneurs

Dougs

Avec 37 000 entrepreneurs à son actif, l’expert-comptable Dougs propose un service 100% en ligne de gestion de la comptabilité et de la finance.

Dougs se démarque grâce à son logiciel complet, simple à utiliser et doté de nombreuses automatisations. Il permet aux auto-entrepreneurs de gérer leur tenue comptable facilement avant qu’un expert Dougs prenne le relais. Avec Dougs, vous pouvez créer votre entreprise, gérer votre comptabilité, effectuer votre facturation en toute conformité (Facturation électronique). Il vous rappelle même vos échéances obligatoires. Dougs se veut une solution globale pour accompagner les auto-entrepreneurs et indépendants dans leur quotidien.

La formule à 49€/mois comprend la gestion de votre comptabilité et l’accompagnement personnalisé, gratuit et illimité par un comptable ou expert-comptable par chat, téléphone et email. Le logiciel de saisie, qui possède la fonction de synchronisation bancaire et un module de facturation PA, est intuitif et performant et l’offre est sans engagement. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Dougs.

Indy

Indy n’est pas un cabinet d’expertise-comptable à proprement parler, mais les fonctionnalités de ce logiciel de comptabilité s’en rapprochent fortement, et vous pourrez l’utiliser seul ou en complément d’un comptable.

Nous avons donc souhaité l’intégrer à notre sélection puisqu’Indy accompagne les auto-entrepreneurs dans l’intégralité de leur gestion comptable : la synchronisation bancaire, les nombreuses automatisations pour créer vos devis et factures mais aussi l’édition de vos livres et registres. Vous pouvez également réaliser votre déclaration de chiffre d’affaires à l’URSSAF ou votre déclaration de TVA directement dans l’outil. Et vous bénéficiez même d’un compte pro entièrement gratuit lui aussi.

À noter qu’Indy propose aussi la création de votre micro-entreprise gratuitement pour ceux qui sont en train de se lancer. Avec deux offres tarifaires transparentes et abordables, vous pouvez tester l’outil gratuitement pendant 15 jours. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Indy.

Abby

À l’instar d’Indy, Abby est lui aussi un logiciel de comptabilité, et plus globalement de gestion, spécialiste des auto-entrepreneurs.

Abby est un logiciel de gestion tout-en-un pour les auto-entrepreneurs. Il rassemble toutes les fonctionnalités nécessaires à la gestion administrative et au pilotage de votre activité. Sa formule 100% gratuite permet déjà de gérer la facturation et la comptabilité d’une micro-entreprise. On retrouve les fonctionnalités de création de devis et factures, la synchronisation bancaire et les déclarations Urssaf.

Que vous soyez en micro-entreprise avec ou sans TVA, vous pouvez choisir parmi 4 offres chez Abby. L’accompagnement par chat est inclus. Si vous voulez pouvoir échanger par téléphone avec un consiller, il faudra passer sur la formule supérieure. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Abby.

Livli

Avec une offre de services très complète, Livli gère l’ensemble de la comptabilité de votre micro-entreprise à distance.

L’ensemble de votre comptabilité est pris en charge par une équipe réactive et impliquée. L’accompagnement est en effet exhaustif avec un coach dédié. Bien pensée, la plateforme de gestion Livli vous sert à collaborer avec votre comptable mais deviendra aussi un véritable outil de gestion au quotidien (facturation, relation client, stockage). Livli est aussi présent pour faire évoluer votre entreprise vers une autre forme juridique.

La formule pour les auto-entrepreneurs est disponible à partir de 70€/mois. Il faudra passer par une demande de devis pour obtenir un tarif précis en fonction de votre activité et vos besoins. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Livli.

Vous pouvez aussi jeter un œil à Naolink, qui inclut un logiciel de facturation, à la start-up Wity et sa formule pour auto-entrepreneur abordable ou encore à Smartwiz avec ses outils de gestion commerciale.

Tableau comparatif des meilleurs experts-comptables pour auto-entrepreneur

Pour vous aider à comparer les offres, voici un tableau récapitulant les principales caractéristiques des experts-comptables en ligne pour les auto-entrepreneurs.

	Tarifs (à partir de)	Essai gratuit	Application mobile	Facturation électronique
Dougs	49€	30 jours
Indy	0€	15 jours
Abby	0€	14 jours
Livli	40€		N/C	N/C

Concernant les tarifs, il s’agit ici des prix d’appel mensuels communiqués par les marques. Selon les options et services souscrits, ces tarifs peuvent évoluer. En optant pour un engagement annuel, vous pouvez aussi faire baisser la facture.

Pour rappel, il s’agit ici de plusieurs solutions pour gérer la comptabilité des auto-entrepreneurs.

• Si vous souhaitez un accompagnement poussé, des conseils avancés sur la comptabilité ou les optimisations fiscales, alors mieux vaut opter pour Dougs ou Livli.
• Indy et Abby sont idéaux si vous voulez profiter d’une solution en ligne parfaitement adaptée à la gestion de la comptabilité d’une micro-entreprise en toute autonomie.

Par ailleurs, sachez aussi que ces formules incluent un accompagnement mais il peut varier selon la solution choisie. Avec Dougs, le conseil et suivi est illimité par chat, email et téléphone. Avec Indy, il faudra se contenter d’échanges par email et chat. Abby propose deux niveaux d’accompagnement en fonction de la formule choisie.

Pourquoi prendre un expert-comptable quand on est auto-entrepreneur ?

Même si les obligations comptables des auto-entrepreneurs restent simples, et normalement abordables par le plus grand nombre, le recours à un expert-comptable présente plusieurs intérêts.

D’une part, la comptabilité est une tâche chronophage. Grâce aux services d’un expert-comptable, vous vous dégagez du temps pour vous concentrer sur votre cœur de métier.

D’autre part, la comptabilité est bien souvent un nouveau domaine à découvrir pour de nombreux auto-entrepreneurs. En la confiant à un professionnel de la comptabilité, vous êtes ainsi sûr que votre gestion comptable est réalisée en bonne et due forme, sans erreurs et dans le respect des obligations légales.

Enfin, vous profitez des conseils et de l’accompagnement d’un expert-comptable qui pourra suivre la situation financière de votre micro-entreprise, vous conseiller sur les choix fiscaux et aides financières disponibles et vous guider tout au long de la croissance de votre micro-entreprise.

Le coût d’un expert-comptable rebute souvent les auto-entrepreneurs qui démarrent ou qui cherchent à réduire leurs charges. Cependant, il existe aujourd’hui des solutions abordables et modernes qui convainquent un grand nombre de micro-entrepreneurs. Les logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur en font partie. Toutefois, si vous optez pour un expert-comptable en ligne pour auto-entrepreneur comme ceux de notre sélection, vos économies sont décuplées. Leurs tarifs sont jusqu’à 40% moins chers qu’un cabinet expert-comptable traditionnel, pour des prestations similaires. Et c’est aussi pour cela que nous les recommandons !

Comment choisir l’expert-comptable de sa micro-entreprise ?

Choisir un expert-comptable en ligne ne consiste pas à trouver le “meilleur” pour tous les auto-entrepreneurs mais celui qui correspond à votre type d’activité, votre profil et vos besoins. Chaque freelance a des attentes différentes selon sa structure, son niveau d’autonomie et son budget.

Cabinet d’expert-comptable, expert-comptable en ligne ou logiciel de comptabilité

La première question à vous poser est quel niveau d’accompagnement souhaitez-vous bénéficier.

Un cabinet d’expertise-comptable de proximité pourra vous recevoir en rendez-vous et se chargera de votre gestion comptable et toutes vos obligations. Avec un cabinet en ligne, vous échangez à distance (chat, téléphone, email), et le niveau de prestations reste le même. Le logiciel de comptabilité vous oblige à gérer votre comptabilité en autonomie, même si l’équipe est généralement disponible pour répondre à vos questions (surtout parce que la comptabilité de l’auto-entreprise est considérée comme simple).

C’est donc à vous d’évaluer votre appétence pour la comptabilité et le temps que vous souhaitez y consacrer.

Les services associés

Au-delà des prestations purement comptables, les experts-comptables pour auto-entrepreneur proposent aussi des outils complémentaires. Certaines fonctionnalités nous semblent d’ailleurs indispensables pour les micro-entreprises. On pense notamment à la présence d’un module de facturation pour auto-entrepreneur. La plupart des experts-comptables de notre sélection l’ont directement intégré à leur solution, sans coût supplémentaire. D’autres services peuvent également être utiles comme un compte pro, présent chez Indy.

Définissez vos besoins et identifiez les experts-comptables qui y répondent le mieux.

L’intégration et la technologie

Un bon expert-comptable en ligne doit proposer une interface intuitive, reliée à votre banque pro pour auto-entrepreneur. Ainsi, toutes vos opérations sont automatiquement synchronisées dans votre plateforme de gestion, vous n’avez pas de saisie manuelle à effectuer. Comme nous l’avons dit, vérifiez aussi si l’outil dispose d’un outil de facturation intégré et si non, avec quel(s) outil(s) il peut être intégré. Plus les intégrations sont fluides, plus la comptabilité est automatisée. C’est essentiel pour réduire les erreurs et gagner du temps.

Idéalement, le logiciel doit inclure des modules de pilotage de votre activité. Il doit vous pemettre d’analyser vos marges, de suivre votre trésorerie et d’établir des prévisions financières. Il devient un outil indispensable au quotidien.

Le budget et la transparence

Comparez les formules d’abonnement, mais surtout le rapport qualité/prix : services inclus, options payantes, accompagnement, réputation du cabinet. N’hésitez pas à demander plusieurs devis d’expert-comptable en précisant votre chiffre d’affaires ou votre volume d’activité pour obtenir une estimation réaliste.

Quel est le tarif d’un expert-comptable pour auto-entrepreneur ?

Grâce à leurs obligations comptables simplifiées, les auto-entrepreneurs bénéficient de tarifs d’expertise-comptable bien moins élevés que les autres formes juridiques. De même, un logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur est souvent très abordable, avec des formules moins chères pour les auto-entreprises que pour les sociétés.

Le tarif d’un comptable varie selon plusieurs éléments, et les auto-entrepreneurs n’échappent pas à la règle. Le domaine d’activité de votre micro-entreprise, le chiffre d’affaires, les prestations à effectuer (déclaration de TVA ou non, etc.), la localisation, la renommée du cabinet et les conditions tarifaires pratiquées font partie des critères de tarification.

Pour trouver le bon expert-comptable, nous conseillons toujours de faire plusieurs demandes de devis et d’analyser précisément ce qui est inclus ou non, les évolutions tarifaires, etc. En effet, avec tous ces facteurs à intégrer mais aussi la diversité des profils d’auto-entrepreneur, il est difficile de donner des tarifs précis. Un freelance informatique en auto-entrepreneur avec des missions longues aura probablement moins de factures à traiter qu’un rédacteur web par exemple. Et donc un tarif potentiellement plus accessible.

Vous trouverez dans notre tableau comparatif ci-dessus les prix d’appels des acteurs de notre sélection.

Sachez aussi que la plupart de ces acteurs proposent des essais gratuits : profitez notamment de 30 jours gratuits avec Dougs. C’est un bon moyen de tester l’offre avant de vous engager.

Expert-comptable pour auto-entrepreneur : est-ce obligatoire ?

Commençons tout d’abord par quelques rappels sur les obligations comptables du micro-entrepreneur.

Le statut d’un auto-entrepreneur est conçu pour être accessible notamment grâce à ses règles de comptabilité allégées. En tant qu’auto-entrepreneur, vous devez :

• respecter des règles de facturation ;
• tenir un registre des achats ;
• tenir un livre des recettes ;
• procéder aux déclarations de chiffre d’affaires mensuellement ou trimestriellement.

Vous l’aurez compris, la comptabilité d’un auto-entrepreneur est donc globalement simplifiée. Mais, les profils des auto-entrepreneurs peuvent être variés avec, dans certains cas, des particularités qui impactent les règles de comptabilité à appliquer : achat et/ou vente de produits, assujettissement à la TVA, dépassement du seuil, etc.

Vous pouvez choisir librement de gérer votre comptabilité tout seul ou de faire appel à un prestataire externe en fonction de vos obligations comptables et de vos compétences et connaissances en comptabilité. La seconde option est souvent choisie par les auto-entrepreneurs qui se lancent, qui sont peu à l’aise avec les outils informatiques ou la comptabilité en général, ou qui veulent déléguer une tâche chronophage.

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