Meilleur expert-comptable en ligne pour ecommerce

Vous êtes e-commerçant ou sur le point de lancer votre site de vente en ligne et vous vous interrogez sur la gestion comptable de votre activité. Découvrez dans cet article notre sélection des meilleurs experts-comptables pour ecommerce, leurs avantages, les critères pour bien choisir et un rappel de vos obligations.

Voici les 5 meilleurs experts-comptables en ligne pour ecommerce en 2025 :

Notre sélection des meilleurs experts-comptables en ligne pour e-commerçants

Dougs

Avec 37 000 entrepreneurs à son actif, l’expert-comptable Dougs propose un service 100% en ligne de gestion de la comptabilité et de la finance.

Dougs se démarque grâce à son logiciel complet, simple à utiliser et doté de nombreuses automatisations. Il permet aux entreprises de e-commerce de gérer leur tenue comptable facilement avant qu’un expert Dougs prenne le relais. Avec Dougs, vous pouvez créer votre entreprise, tenir votre comptabilité facilement grâce à une synchronisation avec toutes vos plateformes de vente, réaliser vos déclarations de TVA en France et à l’étranger, effectuer votre facturation en toute conformité (Facturation électronique), suivre les performances des différents canaux de vente. Dougs se veut une solution globale pour accompagner les e-commerçants dans leur quotidien.

La formule à partir de 89€/mois comprend la gestion de votre comptabilité de trésorerie ou d’engagement, bilan et liasse fiscale inclus, et l’accompagnement personnalisé, gratuit et illimité par un comptable ou expert-comptable. Le logiciel de saisie, qui possède la fonction de synchronisation bancaire, est intuitif et performant et l’offre est sans engagement. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Dougs.

L-Expert-Comptable.com

Cabinet en ligne le plus ancien de notre sélection, L-Expert-Comptable.com a déjà accompagné plus de 50 000 consultants et prestataires de services, son coeur de cible.

De la création d’entreprise à la gestion de la comptabilité, L-Expert-Comptable.com offre une solution de gestion et pilotage globale, avec une offre dédiée aux e-commerçants. Depuis 2015, ils s’appuient sur Tiime comme partenaire de choix pour la facturation (et est donc conforme à la facturation électronique) et la création d’entreprise. Vous pouvez donc gérer votre comptabilité en ligne en toute autonomie et L-Expert-Comptable.com se charge de votre liasse fiscale et de vos déclarations.

Avec un tarif simple à partir de 99€/mois, sans engagement et tout compris, L-Expert-Comptable.com assure un accompagnement qualitatif, souvent relevé comme sa principale force par les indépendants qui choisissent de leur confier leur comptabilité. Pour en savoir plus, lire notre avis sur L-Expert-Comptable.com.

LegalPlace Comptabilité

Plateforme de formalités et d’assistance juridiques en ligne, LegalPlace est encore un cabinet d’expertise comptable récent, mais qui gère déjà la comptabilité de nombreux e-commerçants.

Solution moderne et innovante, LegalPlace Comptabilité se distingue de ses concurrents grâce aux nombreux services juridiques annexes proposés par la legaltech LegalPlace. Vous bénéficiez ainsi d’un accompagnement à la fois comptable et juridique par un des experts du secteur. Votre comptable dédié suit l’intégralité de votre comptabilité, avec un accompagnement personnalisé et illimité, ainsi qu’un logiciel moderne et intuitif. L’interface se connecte aux plateformes e-commerce pour synchroniser automatiquement vos opérations.

Les tarifs, avec un prix d’appel de 85€/mois pour les e-commerçants, sont modulables et uniquement sur devis. Vous pouvez opter pour un engagement annuel et ainsi profiter d’une réduction sur votre paiement. Tout est inclus, de l’accompagnement à l’établissement des comptes annuels. Seules les déclarations sont sur option. Pour en savoir plus, lire notre avis sur LegalPlace Comptabilité.

Keobiz

Keobiz est un cabinet d’expertise comptable en ligne hybride qui accompagne plus de 17 000 indépendants et entrepreneurs dans la gestion quotidienne de leur entreprise.

Membre du groupe Kerogo, Keobiz bénéficie d’un écosystème solide et d’une vision stratégique globale, fournissant un accompagnement efficace de ses clients dans leur croissance. Keobiz s’appuie sur un partenariat avec Pennylane pour proposer une solution complète et performante : comptabilité, facturation, trésorerie, achats, notes de frais, etc. Mais les services ne s’arrêtent pas là : création d’entreprise, paie, fiscalité, juridique, etc.

L’accompagnement est effectué par un conseiller spécialisé dans la comptabilité de l’e-commerce et il est disponible par email et téléphone (il y a aussi un bureau à Paris et Rouen). Ses 4 formules à partir de 89€/mois, dont le prix évolue en fonction de votre CA, incluent la gestion comptable, de la saisie à l’édition des comptes annuels, l’accompagnement et l’accès aux outils de gestion. Appréciable pour ceux qui aiment les solutions tout-en-un ! Pour en savoir plus, lire notre avis sur Keobiz. 

Ça Compte Pour Moi

Intégré au Groupe Compagnie Fiduciaire, Ça Compte Pour Moi est un expert-comptable en ligne créé en 2015. Solution universelle, il propose des offres sur-mesure pour répondre aux besoins de tous les secteurs d’activité, dont le e-commerce.

Ses tarifs un peu plus élevés sont largement compensés par la qualité de son accompagnement. Les avis clients sont en effet excellents, et reflètent la simplicité d’utilisation de la plateforme collaborative et la réactivité du service. À l’instar de Keobiz, il s’appuie sur le logiciel Pennylane pour assurer la relation et la gestion comptable. Il traite aussi bien la comptabilité de trésorerie que la comptabilité d’engagement.

Les tarifs, à partir de 99€/mois pour les e-commerçants, sont personnalisés et modulables en fonction de votre chiffre d’affaires, et vos besoins grâce aux options complémentaires. L’offre est sans engagement. Il faudra donc passer par une demande de devis pour connaître le tarif de la formule la mieux adaptée. Pour en savoir plus, lire notre avis sur Ça Compte Pour Moi.

Tableau comparatif des meilleurs experts-comptables pour e-commerce

Pour vous aider à comparer les offres, voici un tableau récapitulant les principales caractéristiques des experts-comptables en ligne pour les e-commerçants.

	Tarifs (à partir de)	Essai gratuit	Application mobile	Le plus
Dougs	89€	30 jours		Suivi des performances des canaux de vente
L-Expert-Comptable.com	99€	1 mois		Spécialiste du B2B
LegalPlace Comptabilité	85€	1 mois		Intégration aux plateformes e-commerce
Keobiz	89€	1 mois		Accepte tous les statuts
Ça Compte Pour Moi	99€	3 mois		Équipe comptable très réactive

Notez que tous les acteurs de notre sélection gèrent la comptabilité de trésorerie. En ce qui concerne la comptabilité d’engagement, Dougs, Keobiz et Ça Compte Pour Moi le proposent.

Un accompagnement réactif est assuré par des conseillers disponibles et facilement joignables. Chez Dougs, vous pouvez contacter à tout moment votre comptable dédié via votre moyen de communication préféré. L’accompagnement est illimité avec LegalPlace Comptabilité. Vous pouvez aussi bénéficier d’un conseiller dédié et spécialiste du e-commerce chez Keobiz.

Autre point essentiel : ils incluent tous un module de facturation, soit en nom propre soit via un partenaire (Pennylane pour Ça Compte Pour Moi et Keobiz), et sont tous conformes à la facturation électronique.

Enfin, concernant les tarifs, il s’agit ici des prix d’appel mensuels communiqués par les marques. Selon les options et services souscrits, ces tarifs peuvent évoluer. En optant pour un engagement annuel, vous pouvez aussi faire baisser la facture.

Les avantages de prendre un expert-comptable pour votre activité e-commerce

Même si certains e-commerçants décident de gérer seul leur comptabilité, recourir aux services d’un expert-comptable spécialisé en e-commerce présente des avantages indéniables.

Dans le cas de l’e-commerce, les gérants de boutique en ligne doivent faire face à un volume de transactions élevé. En gérant votre comptabilité seul, vous pourriez vite vous retrouver dépassé et ne pas respecter les délais légaux ou commettre des erreurs. Un expert-comptable vous assure une comptabilité tenue en conformité avec la loi, de manière qualitative et surtout dans les délais impartis. Il engage également sa responsabilité en cas de contrôle fiscal.

Un expert-comptable vous apporte aussi une connaissance pointue dans son domaine mais surtout une veille continue sur ce marché évoluant très rapidement.

Pour ceux d’entre vous qui vont se lancer dans le dropshipping, les services d’un expert-comptable vous seront utiles pour gérer la comptabilité complexe de cette activité, notamment la gestion de la TVA et des commissions. 

Si vous optez pour un expert-comptable en ligne, comme ceux de notre sélection, vous bénéficiez d’avantages supplémentaires et notamment l’utilisation d’un logiciel qui se synchronise non seulement avec votre banque mais aussi avec les plateformes e-commerce. À la clé, plus d’automatisations, moins d’erreurs, et du temps gagné. Cet outil inclut des tableaux de bord et des rapports pour suivre vos performances en temps réel. Vous gagnez en réactivité dans vos prises de décision.

Contrairement à ce que l’on pourrait penser, utiliser un cabinet comptable est aussi une solution pour réduire vos coûts. En effet, en comparant le temps que vous y passez et les honoraires d’un expert-comptable, vous vous apercevrez qu’il est souvent plus économique de confier une tâche que vous ne maîtrisez peu ou pas. Le risque d’erreurs (et les coûts que cela implique) est largement limité, vous gagnez du temps et vous pouvez être conseillé sur des optimisations fiscales.

Enfin, si vous optez pour un expert-comptable en ligne pour ecommerce comme ceux de notre sélection, vos économies sont décuplées. Leurs tarifs sont jusqu’à 40% moins chers qu’un cabinet expert-comptable traditionnel, pour des prestations similaires. Et c’est aussi pour cela que nous les recommandons !

Comment choisir le meilleur expert-comptable pour son activité e-commerce ?

Choisir un expert-comptable en ligne ne consiste pas à trouver le “meilleur” pour tous les e-commerçants, mais celui qui correspond à votre type d’activité, votre profil et vos besoins. Chaque entrepreneur a des attentes différentes selon sa structure, son niveau d’autonomie et son budget.

La conformité et le type de comptabilité

Avant toute chose, assurez-vous que le cabinet est inscrit à l’Ordre des Experts-Comptables — gage de légalité et de sérieux.

Vérifiez ensuite le type de comptabilité proposé : comptabilité de trésorerie (enregistrement à la date des flux financiers) ou comptabilité d’engagement (enregistrement à la date des factures). Comme nous l’avons vu, tous les cabinets en ligne ne gèrent pas les deux types. Votre statut juridique (micro, SASU, SARL, etc.) et votre régime fiscal détermineront le mode le plus adapté.

Le secteur d’activité et la compatibilité

Certains cabinets refusent certains domaines d’activité, tandis que d’autres sont spécialisés par métier. Vérifiez que votre secteur d’activité est accepté et, idéalement, qu’une offre dédiée aux e-commerçants existe. Le cabinet d’expertise-comptable doit être capable de vous accompagner et vous conseiller sur les spécificités comptables et fiscales de la vente en ligne, aussi bien en France mais aussi à l’étranger si c’est votre cas.

De même, certaines entreprises d’e-commerce avec un chiffre d’affaires élevé ou des besoins complexes devront plutôt se tourner vers des cabinets plus traditionnels ou hybrides.

L’accompagnement et les services associés

Le niveau d’accompagnement varie selon les offres : comptable dédié, coach comptable ou support mutualisé. Certains cabinets incluent un conseil illimité, d’autres facturent les échanges supplémentaires ou les missions sociales (paie, contrats, fin de contrat).

Intéressez-vous aussi au canal de communication (chat, mail, téléphone, visioconférence) et à la réactivité de l’équipe. Vous pouvez vous appuyer sur les avis clients en ligne pour mieux évaluer la qualité de l’accompagnement client.

L’intégration et la technologie

Un bon expert-comptable en ligne doit proposer une interface intuitive, reliée à votre banque d’e-commerçant. Ainsi, toutes vos opérations sont automatiquement synchronisées dans votre plateforme de gestion, vous n’avez pas de saisie manuelle à effectuer. Vérifiez aussi si l’outil peut se connecter aux logiciels e-commerce et autres canaux de vente en ligne. Plus les intégrations sont fluides, plus la comptabilité est automatisée. C’est essentiel pour réduire les erreurs et gagner du temps.

Idéalement, le logiciel doit inclure des modules de pilotage de votre activité. Il doit vous pemettre d’analyser vos marges, de suivre votre trésorerie et d’établir des prévisions financières. Il devient un outil indispensable au quotidien.

Le budget et la transparence

Comparez les formules d’abonnement, mais surtout le rapport qualité/prix : services inclus, options payantes, accompagnement, réputation du cabinet. N’hésitez pas à demander plusieurs devis d’expert-comptable en précisant votre chiffre d’affaires ou votre volume d’activité pour obtenir une estimation réaliste.

Quel est le tarif d’un expert-comptable spécialisé en e-commerce ?

Le prix d’un expert-comptable en ligne repose sur l’un ou plusieurs de ces éléments :

• la forme juridique de votre entreprise ;
• le secteur d’activité ;
• le type de missions réalisées ;
• le volume de chiffre d’affaires/mouvements comptables ;
• le niveau d’accompagnement ;
• les services annexes.

D’une manière générale, le tarif d’un expert-comptable en ligne est moins cher qu’un expert-comptable traditionnel puisque le premier peut notamment économiser sur les frais de fonctionnement.

Pour trouver le bon expert-comptable, nous conseillons toujours de faire plusieurs demandes de devis et d’analyser précisément ce qui est inclus ou non, les évolutions tarifaires, etc. En effet, avec tous ces facteurs à intégrer, il est difficile de donner des tarifs précis. Vous trouverez dans notre tableau comparatif ci-dessus les prix d’appels des acteurs de notre sélection.

Sachez aussi que la plupart de ces acteurs proposent des essais gratuits : profitez d’1 mois gratuit avec Keobiz et de 30 jours gratuits avec Dougs. C’est un bon moyen de tester l’offre avant de vous engager.

Expert-comptable obligatoire pour un site d’e-commerce : quelques rappels

Commençons par la théorie : quel que soit votre statut juridique ou régime d’imposition, un e-commerçant n’a aucune obligation à faire appel à un expert-comptable pour gérer sa comptabilité. Il peut tout à fait la réaliser entièrement lui-même ou confier seulement une partie à un expert-comptable.

Mais dans la pratique, les obligations comptables qui relèvent de votre statut juridique peuvent vous pousser à confier cette mission à un professionnel. Certaines tâches comptables peuvent se révéler très exigeantes et l’accompagnement d’un expert-comptable est souvent fortement conseillé. 

Les obligations comptables de l’e-commerce reposent sur la forme juridique de votre entreprise et le régime fiscal pour lequel vous aurez opté. Il existe donc de nombreuses situations possibles, mais nous pouvons les regrouper en trois catégories :

• vous êtes sous le régime micro (auto-entrepreneur, TPE sous conditions) : la comptabilité est ultra-simplifiée et consiste en un journal des dépenses et des recettes et un registre des achats ;
• vous êtes soumis au régime réel simplifié (entreprises commerciales sous conditions) : vous devez tenir une comptabilité simplifiée en éditant et déposant les comptes annuels dans leur version simplifiée ;
• vous êtes soumis au régime réel normal : la comptabilité est plus complexe et induit de tenir une comptabilité d’engagement, avec de nombreuses annexes (inventaire, etc.), de déposer ses comptes annuels et de réaliser les déclarations fiscales. 

La première étape est donc de définir vos obligations comptables, puis vous pourrez faire votre choix entre deux options : 

• gérer seul votre comptabilité grâce à un logiciel de comptabilité pour e-commerce ;
• vous faire accompagner par un expert-comptable (physique ou en ligne).

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