Les 9 meilleurs logiciels de comptabilité en 2025

Quel que soit votre métier, votre statut ou la taille votre entreprise, vous allez avoir besoin d’un logiciel de comptabilité pour gagner du temps sur les tâches comptables chronophages.

Évidemment, vos obligations comptables dépendent de votre statut. Ainsi, les sociétés ont des obligations comptables et une liasse fiscale plus complexe, tandis que les indépendants peuvent souvent s’en sortir seul.

Pour vous aider à faire le bon choix, nous avons donc sélectionné plusieurs logiciels qui correspondent à tous les statuts et à la très grande majorité des besoins :

• Pennylane – Outil financier complet
• Indy – Pour les professions libérales et indépendants
• Sage 50 – Gamme comptabilité complète
• Axonaut – Logiciel de gestion complet
• Cegid Comptabilité – Le meilleur pour ses nombreuses automatisations
• Abby – Le meilleur pour les micro-entrepreneurs
• Sellsy – 27 modules disponibles
• Tiime – Logiciel complet et compte pro
• Macompta – Facturation, paie et comptabilité
• Freebe – Dédié aux freelances

Notre sélection des meilleurs logiciels de comptabilité en ligne

1. Pennylane

Pennylane est un logiciel français de gestion complet (gestion des achats, ventes, trésorerie et comptabilité) pour les TPE-PME. Il a pour objectif d’accompagner les dirigeants d’entreprise dans la gestion financière de leur activité et de fluidifier la collaboration entre les dirigeants et leur expert-comptable.

Facturation, gestion de trésorerie, comptabilité, … Pennylane est un outil complet. Même si les fonctionnalités sont moins avancées que chez des logiciels spécialisés, elles ont pour avantage avec Pennylane d’être regroupées dans une solution unique, accessible et facile à utiliser.

Pennylane convient particulièrement aux PME et TPE générant beaucoup de flux financiers, comme le secteur du e-commerce ou de la restauration. Avec trois formules tarifaires, l’offre est sans engagement et inclut un accompagnement pour le démarrage. Le logiciel est en ligne et dispose aussi d’une application mobile.

2. Indy

Indy est un logiciel de comptabilité moderne et intuitif, au tarif fixe et transparent. Il s’adresse aux professions libérales qui souhaitent prendre en main leur gestion comptable (BNC et sociétés à l’IS acceptés).

Avec deux offres tarifaires transparentes et abordables, le logiciel de comptabilité en ligne Indy offre l’accès à de nombreuses fonctionnalités parfaitement adaptées aux besoins des activités libérales.

De la tenue comptable à l’édition de la liasse fiscale et la télétransmission, tout est disponible sur une plateforme ergonomique, simple et intuitive. Depuis peu, Indy propose même un module de facturation gratuit. À noter qu’Indy propose la création d’entreprise gratuitement pour ceux qui sont en train de se lancer.

3. Sage 50

Sage propose une gamme de logiciels de gestion pour les indépendants, auto-entrepreneurs, artisans et TPE. Selon vos besoins, vous pouvez choisir parmi trois domaines : Comptabilité, Gestion ou les deux.

La gamme Compta de Sage 50 vous permet de gérer l’intégralité de votre comptabilité : tenue comptable, édition de la liasse fiscale, télédéclaration de TVA. Grâce à l’instauration de règles d’automatisation, votre tenue comptable est simplifiée et gérée automatiquement.

Grâce à Sage 50 Gestion, vous pouvez réaliser l’ensemble des tâches liées à la facturation. En vous appuyant sur des modèles proposés par Sage, vous pouvez éditer devis, factures, factures d’acompte, avoirs, bons de commande ou encore bons de livraison. Sage 50 est aussi un outil de gestion commerciale puisqu’il centralise tous vos contacts : prospects, clients, fournisseurs. C’est l’un de ses avantages, par rapport à d’autres logiciels qui se concentrent uniquement sur la partie devis et factures.

4. Axonaut

Axonaut vous permet de traiter la pré-comptabilité mais aussi de gérer d’autres aspects de votre entreprise : CRM, facturation, ERP.

Enrichie de votre base client et votre catalogue, l’interface épurée d’Axonaut vous permet ainsi de créer devis, factures et bons de commande en quelques clics. Toutes vos données sont centralisées et synchronisées pour vous faire gagner un temps considérable sur votre gestion.

Tous les modules sont compris dans l’offre à 49,99€/mois. Axonaut devient votre nouvel outil au quotidien pour centraliser les données et optimiser votre gestion. Très facile à prendre en main, on apprécie aussi la disponibilité et la réactivité du service client.

5. Cegid Comptabilité

100% en ligne, Cegid Comptabilité est un logiciel de gestion comptable très performant et très complet.

Grâce à de nombreuses automatisations, il vous permet d’internaliser l’ensemble des tâches comptables de votre activité, de la saisie comptable aux déclarations auprès de l’administration fiscale. Il est également doté de nombreux rapports et analyses afin d’assurer un suivi financier précis et en temps réel. On apprécie les fonctions modernes qui le transforment en véritable robot intelligent. 

Les tarifs sont uniquement disponibles sur demande, le devis est gratuit. Vous pouvez aussi bénéficier d’une démonstration personnalisée de l’outil.

6. Abby

Plus récemment arrivé sur le marché des logiciels de comptabilité pour les auto-entrepreneurs, Abby a de nombreux arguments pour plaire.

Dès la formule gratuite, vous pouvez gérer votre comptabilité et créer devis et factures. Grâce à la synchronisation bancaire, vos données sont à jour. Vos livres des recettes et des achats sont créés automatiquement. La formule Pro d’Abby va plus loin en générant le compte de résultat. Gestion d’un fichier client, outil de time-tracking pour facturer vos clients, signature de devis ou paiement des factures en ligne viennent compléter l’outil.

Abby, c’est un outil abordable, qui fait gagner du temps aux auto-entrepreneurs. Facile à prendre en main et à utiliser, le logiciel inclut un centre d’aide en ligne et un service client réactif.

7. Sellsy

Logiciel complet de CRM, facturation et comptabilité, Sellsy propose une solution modulaire pour obtenir un outil parfaitement adapté aux besoins de votre activité.

Les fonctions de comptabilité sont assez limitées (rapprochements bancaires et export comptable principalement) mais l’avantage de Sellsy est qu’il vous permet de bénéficier des nombreux autres modules, et notamment la relation client peu présente chez ses concurrents.

Il s’adresse ainsi aux start-ups et PME qui font aussi appel à un expert-comptable pour finaliser cette tâche. L’offre démarre à partir de 39€/mois et inclut un essai gratuit de 15 jours.

7. Tiime

Tiime est un logiciel de gestion qui propose une formule gratuite dédiée à la facturation, sans limite de volume, et un outil de comptabilité assez complet dès les plans payants.

C’est une offre complète pour créer des devis et factures personnalisés, gérer vos achats et dépenses et documents comptables. Il propose même un compte bancaire professionnel. Les encaissements de vos factures sont accélérés grâce aux liens de paiement ou aux prélèvements. L’interface est ergonomique et très facile à utiliser.

Accessible à tous les statuts, il pourra vous suivre dans la croissance de votre activité grâce à la formule Business. En effet, l’offre est composée d’une formule gratuite dédiée à la facturation puis d’une formule payante plus complète.

9. MaCompta.fr

Le logiciel en ligne Macompta.fr propose une offre complète à des tarifs très compétitifs, ce qui en fait un logiciel de comptabilité adapté à la très grande majorité de nos lecteurs, quel que soit votre statut.

Un grand éventail de fonctionnalités nécessaires à la tenue comptable d’une activité libérale ou d’une société est présent, dont la télétransmission de la liasse fiscale. On apprécie aussi l’assistance gratuite avec un support client disponible et réactif, qui rend le logiciel accessible même par les plus novices.

Quelques modules mériteraient leur place dans ce logiciel comme la gestion des notes de frais, de la paie ou même du stock, tout comme une version mobile pour accéder au logiciel depuis n’importe où. Par contre, la présence d’un module de paie fait sortir du lot MaCompta, puisque peu de logiciels sur le marché permettent de faire facturation, comptabilité ET paie.

10. Freebe

Freebe est un logiciel de devis et facturation pour indépendant, particulièrement adapté aux freelances en quête d’une solution de gestion abordable et efficace.

Outre la création de devis et de factures, il permet aussi de créer un livre de recettes et de dépenses, d’automatiser les déclarations auprès de l’URSSAF, …. En plus, les utilisateurs peuvent synchroniser l’outil avec leur banque pour une gestion facilitée.

Nous avons aussi apprécié d’autres fonctionnalités pensées pour les freelances, comme l’outil de time-tracking, pratique pour les ceux qui facturent au jour ou à l’heure, le tout pour un tarif abordable.

Les avantages d’un logiciel de comptabilité

Voici les 4 principaux avantages à utiliser un logiciel pour faire votre comptabilité :

1. Efficacité et gain de temps : l’automatisation des tâches de saisie comptable et de récolte des justificatifs, mais aussi la gestion de la TVA ou encore des factures vous fera gagner beaucoup de temps, à vous et à votre expert-comptable.
2. Collaboration : que votre comptabilité soit internalisée ou externalisée, les logiciels de comptabilité vous permettent de centraliser les données. La répartition des tâches et la collaboration en sont ainsi facilitées.
3. Moins de risques d’erreurs : l’utilisation d’un logiciel diminue fortement le risque d’erreurs (doublons, mauvaises saisies…) et de pertes de données et vous permet d’être en conformité avec la réglementation en vigueur.
4. Pilotage de votre activité : les outils de suivi et les systèmes de relances et d’alertes vous permettent de mieux piloter votre activité en temps réel, et sont ainsi un précieux allié dans la gestion quotidienne de votre activité.

Comment choisir un logiciel de comptabilité ?

Entre toutes les solutions du marché, il n’est pas facile de savoir quel logiciel de comptabilité choisir pour votre activité et vos besoins. Pour vous aider à y voir plus clair, voici les critères de choix essentiels, que nous allons ensuite détailler :

• statut juridique, taille et secteur d’activité de votre entreprise ;
• type de logiciel, facilité d’utilisation et fonctionnalités ;
• rapport qualité-prix ;
• stockage des données et sécurité ;
• écosystème et intégrations.

Statut juridique

Premier critère, votre statut juridique. Le statut à un impact direct sur vos obligations comptables, et surtout la difficulté que vous aurez à tenir votre comptabilité vous-même. Les professions libérales, les auto-entrepreneurs, les associations n’ont en effet pas les mêmes obligations comptables que les entreprises (en SASU/SAS , EURL/SARL), et les fonctionnalités des logiciels de comptabilité doivent s’adapter à ces obligations. Votre statut juridique est donc un critère de choix primordial.

Taille d’entreprise et secteur d’activité

La taille de votre entreprise aura une influence sur votre choix de logiciel de comptabilité de plusieurs manières :

• la tenue de votre comptabilité sera plus ou moins facile ;
• vous disposerez de plus ou moins de ressources dédiées à la comptabilité (expert-comptable ou non, ressources internes…) ;
• vous aurez des besoins plus ou moins spécifiques.

Votre chiffre d’affaires, la gestion des notes de frais, des employés, le nombre de fournisseurs ou de clients… influencent la complexité de votre comptabilité, et parfois le tarif de votre logiciel (quand il y a des limites d’usage par exemple).

Enfin, le secteur d’activité aura lui aussi des conséquences sur votre choix. Vous gérez une boutique en ligne et avez beaucoup de flux ? Il faudra privilégier un logiciel avec connexion bancaire et connexion à vos outils tiers (logiciel CRM, systèmes de paiement…) comme Pennylane. Vous gérez un commerce ou un restaurant ? Il faudra un logiciel connecté à votre logiciel de caisse. Vous êtes dans le BTP ? Envisagez un logiciel avec des spécificités métiers (suivi des temps, suivi de chantier, suivi des matériaux).

Type de logiciel

Même si nous avons une forte préférence pour les logiciels de comptabilité en ligne, nous savons quand même que ce n’est pas le cas de tous les entrepreneurs. Bien choisir son logiciel comptable, c’est aussi choisir un logiciel qu’on ne rechignera pas à utiliser, à vous de voir selon vos préférences :

• En ligne ou à télécharger (+ Mac ou Windows)
• Mobile ou non

Nous avons une préférence affichée pour les logiciels de comptabilité en ligne, souvent plus simples, mis à jour automatiquement et utilisable de partout. Sachez quand même que les logiciels à télécharger peuvent vous convenir, d’autant plus que certains possèdent une profondeur fonctionnelle très importante (car historique).

Si vous optez pour une solution à télécharger, renseignez-vous bien, car les logiciels de comptabilité sur Mac se font rares, et trouvez une solution pérenne pour vos sauvegardes. Concernant le mobile, c’est un peu lié, mais si vous aimez éditer vos devis et factures voire gérer votre comptabilité sur mobile, ce sera impossible avec un logiciel à télécharger.

Fonctionnalités et besoins

Bien évidemment, la profondeur fonctionnelle est un critère de choix majeur du meilleur logiciel de comptabilité pour votre activité. Nous n’allons pas reparcourir toutes les fonctionnalités de base déjà citées, mais plutôt vous indiquer ici ce qui peut faire la différence dans le choix de votre logiciel de compta. On pense notamment à :

• la gestion des immobilisations et stocks ;
• la gestion de la trésorerie ;
• le niveau de personnalisation ;
• le multilingue et devises ;
• Intégrations avec ERP, CRM ou logiciel de paie…
• la gestion du multisite (filiales, succursales…)

Réfléchissez donc bien à l’étendue de vos besoins actuels et à venir avant de vous lancer définitivement sur une solution. En cas de doute testez les solutions ou demandez une démo. La plupart des logiciels de comptabilité proposent en effet des essais gratuits (30 jours en général).

Ergonomie et simplicité

Vous êtes aussi nombreux à chercher un logiciel de comptabilité simple. Encore une fois, testez donc les solutions proposées, pour voir si l’ergonomie est au rendez-vous, et surtout si vous arrivez à vous servir du logiciel sans avoir besoin de support ou formation (qui peuvent avoir un coût chez certains éditeurs).

Rapport qualité-prix

Le budget est souvent considéré comme le critère de choix principal d’un logiciel (de comptabilité ou non d’ailleurs) pour beaucoup d’entre vous. Ceci dit, nous pensons sincèrement que la question du budget doit être abordée sur un angle plus large que simplement avec l’objectif de chercher un logiciel de comptabilité pas cher, voire gratuit. L’équation n’est pas si simple, entre le prix du logiciel et le temps passé à l’utiliser.

Logiciel	Tarif mensuel HT, à partir de	Essai gratuit	Réduction
Sage 50	19 €	30 jours	N/A
Indy	20 €	15 jours	Création d’entreprise offerte pour les nouveaux clients
MaCompta	8 €	30 jours	17% de réduction en cas de paiement annuel
Freebe	12,50 €	30 jours	36% de réduction en cas de paiement annuel

La question à vous poser est plutôt de savoir combien vaut votre temps d’entrepreneur, de freelance, de profession libérale… Si vous prenez un logiciel de comptabilité gratuit, mais que vous devez y passer 2 jours par mois, combien seriez-vous prêt à payer pour n’y passer que 2 heures par mois ? Et la question reste la même si vous hésitez entre un logiciel à 30 € par mois et un logiciel à 10 € par mois.

Tenez en compte lorsqu’il s’agit d’utiliser notre comparatif des logiciels de comptabilité, et ne comparez pas que le prix :

• les logiciels de comptabilité gratuits ne sont pas forcément les solutions les plus pérennes (mises à jour, etc).
• ces logiciels ne sont pas toujours 100% gratuits (et souvent limités)
• est-ce qu’un logiciel gratuit est capable de vous accompagner dans votre croissance ?
• les logiciels payants sont souvent plus avancés techniquement, et font gagner davantage de temps sur votre comptabilité.

Stockage des données et sécurité

On aborde maintenant un critère très important : la sécurité et le stockage des données (les vôtres et celles de vos clients). Assurez-vous que le logiciel de votre choix respecte les règles de confidentialité, tout en vous permettant de récupérer vos données, si besoin.

De ce côté-là, pas de panique : il faut par exemple savoir que les logiciels de comptabilité en ligne sont dans l’obligation de respecter des standards extrêmement exigeants en matière de protection des données, de confidentialité et de sécurité. Certains logiciels proposent une page dédiée à la sécurité, afin de rassurer leurs futurs clients : ne vous privez pas de la consulter. Vous pouvez aussi vous renseigner sur la disponibilité de vos données et leur sauvegarde (plus elles sont régulières, mieux c’est) auprès du service clients. Enfin, vérifiez que toutes les informations que vous envoyez soient bien cryptées. Encore une fois, les logiciels en ligne sont très souvent transparents et efficaces là-dessus.

Quant au stockage des données, c’est un éternel débat. Faut-il privilégier un outil dont le stockage des données est en Europe ? À vous de décider.

Écosystème et intégrations

Terminons ces critères de choix avec l’écosystème des logiciels de comptabilité. Nous avons déjà mentionné les intégrations avec d’autres logiciels, donc nous faisons ici plutôt référence aux revendeurs, partenaires, intégrateurs…Selon le type de solution vous en aurez besoin, ou non. Pour un logiciel de comptabilité open source par exemple, c’est l’écosystème de développeurs qui va jouer. Pour d’autres logiciels à télécharger et à installer, c’est plutôt l’écosystème des intégrateurs / formateurs dont vous aurez besoin.

Enfin, pour tous les logiciels, il y a un partenaire à ne pas manquer : l’expert-comptable. Souvent, vos experts-comptables utilisent eux aussi un logiciel comptable. Idéalement, utilisez le même, voire la même licence, pour faciliter la collaboration.

Combien coûte un logiciel de comptabilité ?

Passons sur la question des logiciels de comptabilité gratuits, qui sont souvent limités et font en général gagner moins de temps que des logiciels payants. Nous en avons déjà suffisamment parlé plus haut.

Les tarifs relevés dans notre comparatif des logiciels de comptabilité varient. En moyenne, comptez une dizaine d’euros par mois pour en profiter, à l’image de ce que proposent Quickbooks ou encore Evoliz dans leur offre d’entrée de gamme pour les entreprises. Ce montant augmente en fonction des options que vous allez choisir. En règle générale, les solutions de comptabilité proposent plusieurs offres évolutives : plus vous choisirez de fonctionnalités, plus votre abonnement sera onéreux. Les prix peuvent alors grimper jusqu’à 30 à 50 euros par mois pour gérer à la fois la facturation, la comptabilité, ou encore la partie commerciale avec des acteurs comme Axonaut ou Sellsy.

Du côté des logiciels « on premise » ou à télécharger, vous achetez une licence, donc le tarif peut-être beaucoup plus élevé. Enfin, pour les auto-entrepreneurs, les logiciels commencent à des tarifs autour de 10€ par mois (Freebe par exemple).

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